Banca de DEFESA: DANIELE ALMEIDA ALVES

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : DANIELE ALMEIDA ALVES
DATA : 08/10/2020
HORA: 13:30
LOCAL: Plataforma Conferência Web da RNp
TÍTULO:

Avaliação da Utilização de Índices de Similaridade Genômica Global para Classificação de Espécies Patogênicas Emergentes do Gênero Corynebacterium

PALAVRAS-CHAVES:

Genômica bacteriana, Identidade média de nucleotídeos, tetranucleotídeos, taxonomia genômica, Corynebacterium diphtheriae, Patógenos emergentes; Corynebacterium spp

PÁGINAS: 68
RESUMO:

INTRODUÇÃO: Índices De Similaridade Genômica Global (do inglês - Overall genomerelatedness indexes - OGRIs) têm sido amplamente utilizados nos últimos anos para classificação taxonômica de bactérias. Comparações em pares por Identidade de nucleotídeo média por BLAST (ANIb) do genoma são amplamente consideradas como o índice mais preciso para a circunscrição de espécies bacterianas, ao considerar um limite de espécie de ponto de corte de 95-96% de identidade. No entanto, o uso exclusivo de ANIb para identificação de espécies pode gerar resultados confusos para alguns grupos bacterianos intimamente relacionados, como muitos patogênico Corynebacterium spp. OBJETIVO: Avaliar o desempenho de um classificador de espécies desenvolvido internamente, com base nos valores de correlação entre diferentes índices de parentesco do genoma, para classificar sequências genômicas do grupo Corynebacterium diphtheriae. MÉTODOS: 213 sequências genômicas correspondentes a três espécies de Corynebacterium intimamente relacionadas foram recuperadas do NCBI Genoma DB: 188 classificados como C. diphtheriae e 03 isolados de C. diphtheriae subsp. Lausannense; 10 como Corynebacterium belfantii; 01 como Corynebacterium rouxii e 11 classificados como C. diphtheriae obtidos de Arquivo Europeu de Nucleotídeos. Os padrões de uso de tetranucleotídeos (TETRA) e ANIb foram calculados através de o aplicativo de servidor Web JSpecies e comparou todos contra todos. As matrizes resultantes foram mescladas para gerar uma única matriz de impressão digital, que foi usada para calcular os valores de correlação de Spearman entre bactérias genomas usando um script interno desenvolvido em software R. Análise de sequência multilocus (MLSA) com seis genes de codificadores de proteínas e análises de decomposição dividida foram usados para confirmar as relações entre os várias espécies. RESULTADOS: No total, 45.369 comparações genoma a genoma compuseram a impressão digital matriz que foi usada para construir um dendrograma com clados bem definidos (> 95% de confiança de bootstrap). Os grupos contendo C. belfantii e C. rouxii foi claramente distinguido por esta estratégia, em oposição ao uso de ANIb sozinho. Adicionalmente, observamos que nossos resultados são corroborados com a MLSA, destacando a classificação errada no NCBI. Observamos também que a subespécie Lausannense forma demarcada clados de difteria. CONCLUSÕES: Um classificador desenvolvido internamente que integra diferentes OGRIs foi a ferramenta mais eficiente para a circunscrição de espécies no grupo C. diphtheriae, quando comparada para ANIb sozinho. Antecipamos que esta nova estratégia pode ser extrapolada para melhorar o genoma baseado identificação de outros patógenos bacterianos clinicamente importantes

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - Aristóteles Góes-Neto
Interno - 1621863 - ERIC ROBERTO GUIMARAES ROCHA AGUIAR
Presidente - 1818609 - LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
Externo ao Programa - 2415395 - THIAGO LUIZ DE PAULA CASTRO