Banca de DEFESA: DANILO JOBIM PASSOS GIL DA ROCHA

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : DANILO JOBIM PASSOS GIL DA ROCHA
DATA : 30/05/2023
HORA: 09:00
LOCAL: Sala na plataforma Conferência Web RNP (https://conferenciaweb.rnp.br/webconf/ppgbiotec-ufba)
TÍTULO:

Abordagem Integrada para Predição de Perfis de Resistência a Antimicrobianos à Partir de Dados Genômicos de Isolados Clínicos de Corynebacterium spp.

PALAVRAS-CHAVES:

Sequenciamento genômico; Resistência antimicrobiana; Corynebacterium; Corynebacterium striatum.

PÁGINAS: 46
RESUMO:

A resistência aos antimicrobianos representa uma ameaça à saúde pública global. A rápida
disseminação de bactérias patogênicas multirresistentes e a incapacidade dos antibióticos em
combatê-las efetivamente têm levado a infecções mais graves e prolongadas. Para mitigar esse
desafio, o sequenciamento genômico (Whole-genome sequencing) tem sido proposto como
uma ferramenta de vigilância epidemiológica e ainda como alternativa aos testes fenotípicos de
predição de resistência com a promessa de resultados rápidos, precisos e tratamento melhor
direcionado. Contudo, para este último, sua aplicação enfrenta importantes obstáculos. Para
organismos de importância clínica, como Mycobacterium tuberculosis, alguns estudos
conseguem estabelecer concordâncias de até 99% entre genótipo e fenótipo de susceptibilidade
a antibióticos. Por outro lado, para outros microrganismos, como os patógenos emergentes do
gênero Corynebacterium, estão longe de alcançarem uma concordância aceitável na aplicação
clínica, um reflexo da carência de entendimento do microrganismo e seus mecanismos de
resistência. Neste trabalho nós sequenciamos o isolado multirresistente VH4248 do Hospital
Marqués de Valdecillla em Santander-Espanha, identificado como C. urealyticum por métodos
microbiológicos clássicos e VITEK1. Ferramentas de identificação baseadas em genoma
estabeleceram uma similaridade de apenas 93,7% com o banco de dados de C. urealyticum,
fazendo necessária a reclassificação para Corynebacterium sp. Também, montamos, anotamos
e exploramos os genomas de 107 isolados de C. striatum disponíveis publicamente com as
ferramentas PATRIC (BV-BRC), KmerResistance e Resfinder, para predição genômica de
resistência a antibióticos das seguintes classes: beta-lactâmicos, aminoglicosídeos,
macrolídeos, tetraciclinas e fluoroquinolonas. Comparamos os resultados com os dados
fenotípicos através de curvas ROC e identificamos os genes ermX, tetW e blaA bastante
distribuídos e com área sob a curva ROC (AUC) > 0,874 para os antibióticos eritromicina,
tetraciclina e penicilina. Contudo, todas as ferramentas de predição demonstram capacidade
subótima para predição de resistência em C.striatum, quando avaliadas de acordo com
parâmetros internacionais: major error rates (MERs) e very major error rates (VMERs). De
acordo, quando avaliamos por reação em cadeia da polimerase (PCR) novos isolados clínicos
de Corynebacterium spp. (n = 18), utilizando oligonucleotídeos iniciadores para os principais
genes de resistência a antimicrobianos identificados, somente os genes tetW e ermX
apresentaram bons níveis de concordância com os resultados de testes fenotípicos de
susceptibilidade a antibióticos (94.1% e 83.3%, respectivamente). Portanto, conclui-se que maiores estudos são necessários para padronizar e estabelecer estratégias eficientes de predição de resistência baseada em dados genômicos de Corynebacterium spp. clinicamente relevantes.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - ERIC ROBERTO GUIMARAES ROCHA AGUIAR
Externo ao Programa - 3306669 - HUMBERTO FONSECA DE FREITAS - nullExterna ao Programa - 1187203 - JOICE NEVES REIS PEDREIRA - nullPresidente - 1818609 - LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
Externo ao Programa - 2415395 - THIAGO LUIZ DE PAULA CASTRO - null