PGMICRO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM MICROBIOLOGIA (PGMICRO) INSTITUTO DE BIOLOGIA Telefone/Ramal: Não informado
Dissertações/Teses

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2022
Dissertações
1
  • RODRIGO ALEX HENRIQUEZ ARANCIBIA
  • A DINÂMICA DA PERSISTÊNCIA DE TRYPANOSOMA CRUZIUMA ABORDAGEM ECOLÓGICA-EVOLUTIVA

  • Orientador : LEANDRO MARTINS DE FREITAS
  • MEMBROS DA BANCA :
  • BRUNO LOPES BASTOS
  • LEANDRO MARTINS DE FREITAS
  • LUCAS MIRANDA MARQUES
  • Data: 21/02/2022

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  • A doença de Chagas é uma doença tropical negligenciada endêmica do continente americano tendo como agente etiológico o protozoário Trypanosoma cruzi. Esta doença apresenta um grande impacto para saúde pública, afetando cerca de 6-7 milhões de pessoas ao redor do mundo. Atualmente há limitações em seu tratamento e prevenção, como a falta de vacina e de medicamentos amplamente eficazes. O parasita apresenta tipicamente um complexo ciclo de vida envolvendo o vetor inseto triatomíneo e o hospedeiro mamífero, além de outros meios de transmissão por alimentos contaminados por T. cruzi ou congênita. A doença de Chagas em seu percurso clínico apresenta duas fases: aguda caracterizada por forte resposta imunológica com redução da parasitemia, mas não havendo a eliminação da infecção, e a crônica predominantemente assintomática em um menor percentual manifestando síndromes cardíacas e/ou gastrointestinais anos após a infecção. Entretanto as causas que levam a manifestação ou não de sintomas da fase crônica não estão totalmente esclarecidas. Propomos investigar a dinâmica e mecanismos subjacentes infecção. O T. cruzi apresenta fatores de virulência que o auxiliam na evasão do sistema imune e na sua manutenção no hospedeiro. Considerando o longo processo de interação molecular como agente de pressão seletiva sugerimos que a eficiência de alguns desses mecanismos de virulência, com os protagonizados pelas proteínas de superfície parasitária, se deve a certa similaridade com proteínas humanas devido a uma convergência evolutiva molecular. Buscando indícios desta hipótese, nós realizamos análises de similaridade entre proteínas de superfície do T. cruzi e do sistema imunológico e transdução de sinal humano. Além disso os eventos ocorridos durante a fase aguda parecem repercutir de maneira decisiva no desenvolvimento posterior da doença, como na definição do estado de resistência e susceptibilidade do hospedeiro, apresentamos então um modelo matemático que propõe investigar os cenários na dinâmica parasita-hospedeiro que terminam os estados de susceptibilidade e resistência em uma infecção por T. cruzi. este simula características relevantes da dinâmica da fase aguda da doença de Chagas.


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  • Chagas disease is a neglected tropical disease endemic to the American continent with Trypanosoma cruzi as its etiologic agent. This disease has a major impact on public health, affecting about 6 -8 million people around the world. Currently, there are limitations in its treatment and prevention, such as the lack of vaccines and widely effective drugs. The parasite typically presents a complex life cycle involving the triatomine insect vector and the mammalian host, in addition to other means of transmission such as oral and congenital. Chagas disease in its clinical course has two phases: the acute phase characterized by a strong immune response, reduction of parasitemia, but without the elimination of the infection leading to chronification and the chronic phase, predominantly asymptomatic in a smaller percentage, manifesting cardiac and/or gastrointestinal syndromes. years after infection. However, the causes that lead to the manifestation or not of symptoms of the chronic phase are not fully understood. We propose to investigate the dynamics and mechanisms underlying chronification. The Trypanosoma cruzi has virulence factors that help it evade the immune system and maintain it in the host. Considering the long process of molecular interaction as a selective pressure agent, we suggest that the efficiency of some of these virulence mechanisms, with those carried out by proteins of parasitic surface, is due to a certain similarity with human proteins due to a molecular evolutionary convergence. we search for evidence of this hypothesis; we carry out analyzes of similarity between Trypanosoma cruzi surface proteins and the immune system and human signal transduction. Also, the events that occurred during the acute phase seem to have a decisive impact on the later development of the disease, as in the definition of the host's state of resistance and susceptibility. We then present a mathematical model that proposes to investigate the scenarios in the parasite-system dynamics that end the states of susceptibility and resistance in infection by Trypanosoma cruzi. It simulates relevant characteristics of the dynamics of the acute phase of Chagas disease.

2
  • EMÍLIA TURLANDE SÊNECA RIBEIRO DOS SANTOS
  • CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA E MOLECULAR DE Escherichia coli ISOLADAS A PARTIR DE PRODUTOS AVÍCOLAS CAIPIRAS COMERCIALIZADOS INFORMALMENTE EM REGIÃO DE CLIMA TROPICAL

  • Orientador : MELISSA HANZEN PINNA VALENTIM
  • MEMBROS DA BANCA :
  • CARLOS PASQUALIN CAVALHEIRO
  • MATEUS MATIUZZI DA COSTA
  • MELISSA HANZEN PINNA VALENTIM
  • Data: 20/06/2022

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  • As Doenças Veiculadas por Alimentos (DVAs) constituem eventos de saúde pública de notificação compulsória imediata e frequentemente estão associadas ao consumo de produtos de origem animal contaminados por bactérias. No Brasil, Escherichia coli o principal patógeno envolvido em surtos de DVAs. Nos últimos anos, os produtos avícolas caipiras apresentaram maior visibilidade no mercado. No entanto, pode ocorrer negligência quanto à vigilância sanitária para comercialização destes produtos, o que propicia risco sanitário devido à maior possibilidade de veiculação de microrganismos patogênicos, inclusive resistentes a antimicrobianos. Objetivou-se investigar a presença de Escherichia coli em produtos avícolas caipiras comercializados informalmente e avaliar a circulação de cepas de E. coli diarreiogênicas e resistentes a antimicrobianos. Assim, foram analisados 38 pools de ovos caipiras e 26 carcaças de frangos caipiras oriundos de pontos informais de comercialização na cidade de Salvador-Bahia. A partir destas amostras, 30 isolados foram identificados como Escherichia coli por MALDI-TOF, perfazendo taxa de 92,3% (24/26 carcaças) de contaminação das amostras de carne e 15,8% (6/38 pools) das amostras de ovos. Os isolados foram submetidos ao sistema VITEK®2 para determinar o padrão de suscetibilidade a classes de antimicrobianos clinicamente relevantes, como penicilinas, cefalosporinas e carbapenêmicos do grupo β-lactâmicos, aminoglicosídeos e quinolonas. Identificou-se índice total de 46,7% (14/30) de resistência a pelo menos um dos antimicrobianos testados, com 35,7% (5/14) caracterizados como multirresistentes por apresentarem resistência a três ou mais classes de antimicrobianos. A prevalência de resistência foi maior para Ciprofloxacina com 33,3% (10/30), Ceftriaxona com 26,7% (8/30) e Ampicilina/Sulbactam com 20% (6/30). Ademais, 8/30 (26,7%) apresentaram fenótipo para produção de beta-lactamase de espectro estendido (ESBL). Na caracterização molecular por PCR, 60% (18/30) dos isolados de E. coli foram caracterizados como pertencentes ao grupo DEC, com maior prevalência para o patotipo EAEC atípico, [38,9% (7/18)] e DAEC [22,0% (4/18)], além da caracterização de cepas híbridas. Dos 30 isolados, 19 (63,3%) apresentaram ao menos um gene de resistência a β-lactâmicos, com maior frequência observada para os genes blaCTX-M 1 e blaTEM, com 63% (12/19) e 47% (9/19), respectivamente, seguido por blaOXA-1 e blaSHV com 10,5% (2/19) cada. A detecção de E.coli diarreiogênicas, multirresistentes e/ou produtoras de ESBL em produtos avícolas caipiras comercializados em país com fins turísticos ratifica o potencial de veiculação destes microrganismos através de animais de produção, com consequente contribuição para ocorrência de DVAs e emergência global de resistência a antimicrobianos.


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  • Foodborne Diseases are public health events with immediate compulsory notification and often associated with the consumption of animal products contaminated by bacteria. Escherichia coli is the main pathogen involved in foodborne outbreaks in Brazil. In recent years, free-range poultry products have shown greater visibility in the market. However, may there is negligence in terms of health surveillance for the marketing of these products, which provides health risk due to the greater possibility of spreading pathogenic microorganisms, including those resistant to antimicrobials. The aim was to investigate the presence of Escherichia coli in free-range poultry products sold informally and evaluate antimicrobials resistant E. coli circulation. Therefore, 38 free-range egg pools and 26 free-range chicken carcasses from informal marketing in Salvador-Bahia were analyzed. 30 isolates were obtained and identified as Escherichia coli by MALDI-TOF, with contamination rate of 92.3% (24/26 carcasses) of meat samples and 15.8% (6/38 pools) of egg samples. The isolates were submitted to the VITEK®2 System to determine the susceptibility pattern to clinically relevant classes of antimicrobials, such as penicillins, cephalosporins and carbapenems of the β-lactam group, aminoglycosides and quinolones. A total index of 46.7% (14/30) of resistance to at least one of tested antimicrobials was identified, with 35.7% (5/14) characterized as multidrug-resistants because they presented resistance to three or more classes of antimicrobials. The prevalence of resistance was higher for Ciprofloxacin with 33.3% (10/30), Ceftriaxone with 26.7% (8/30) and Ampicillin /Sulbactam with 20% (6/30). 8/30 (26.7%) presented phenotype for Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) producing. In molecular characterization by PCR, 60% (18/30) of E. coli isolates were characterized as DEC group, with a higher prevalence for the atypical EAEC [38.9% (7/18)] and DAEC [22, 0% (4/18)], in addition to characterization of hybrid strains. Of the 30 isolates, 19 (63.3%) presented at least one β-lactam resistance gene, with a higher frequency observed for the blaCTX-M 1 and blaTEM genes, with 63% (12/19) and 47% (9/19), respectively, followed by blaOXA-1 and blaSHV with 10.5% (2/19) each. The detection of diarrheagenic, multidrug-resistant and/or ESBL-producing E.coli in free-range poultry products sold in a country for tourist purposes confirms the potential for these microorganisms to be transmitted through production animals, hence contributing to the occurrence of Foodborne Diseases and the global emergence of antimicrobial resistance.

3
  • TATIALE DE OLIVEIRA RODRIGUES
  • PRODUÇÃO DA PROTEÍNA RECOMBINANTE Pr55gag PARA USO NO DIAGNÓSTICO DA ANEMIA INFECCIOSA EQUINA

  • Orientador : SILVIA INES SARDI
  • MEMBROS DA BANCA :
  • CAMILA FONSECA LOPES BRANDAO
  • DELLANE MARTINS TIGRE
  • SILVIA INES SARDI
  • Data: 06/07/2022

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  • A Anemia Infecciosa Equina é causada por um Lentivirus e atinge equídeos no mundo todo, causando desde um quadro assintomático até uma doença fatal. Não existem vacinas nem tratamentos eficazes e as medidas de controle recomendadas pelas autoridades incluem a testagem de animais em trânsito e o isolamento ou a eutanásia dos positivos. Por se tratar de uma doença grave cujo diagnóstico define a vida dos animais, é importante dispor de testes diagnósticos mais acurados possível. O método diagnóstico padrão ouro é a Imunodifusão em Gel de Agarose que utiliza como antígeno a proteína de cápside viral, p26, proveniente de cultivo de vírions em células eucarióticas. Com os avanços tecnológicos na área é possível produzir proteínas virais através da tecnologia do DNA recombinante e utilizá-las como antígenos em testes diagnósticos. A proteína precursora Pr55gag compartilha antigenicidade com as proteínas estruturais de EIAV nas quais ela é clivada, portanto deve promover maior sensibilidade ao teste diagnóstico. Desta forma, objetivou-se produzir a proteína Pr55gag em sistema procariótico e avaliar seu potencial como antígeno no diagnóstico sorológico da AIE. Assim, o gene gag foi inserido no plasmídeo pET_TEV e este foi clonado em Escherichia coli C41 (DE3). Com este sistema bacteriano, foi possível expressar a proteína, sob indução com IPTG. A proteína foi purificada em coluna de afinidade à histidina, passou por diálise em PBS e foi concentrada pelo sistema VivaSpin® de concentração. A proteína recombinante obtida desta metodologia foi utilizada como antígeno em um Western blot, no qual foram testados 56 soros equinos cedidos pela Agência Estadual de Defesa Agropecuária da Bahia (ADAB) e previamente submetidos à IDGA. A comparação dos resultados de ambos os testes indica uma concordância quase perfeita entre os dois (Kappa=0,82). Além de ser de mais rápida execução, o Western blot com a proteína recombinante foi mais sensível, pois identificou mais animais positivos (23/56) do que a IDGA (19/56). Os resultados demonstram que a proteína recombinante Pr55gag, obtida de forma rápida, eficiente e com rendimento satisfatório, pode ser utilizada como antígeno nos testes diagnósticos para Anemia Infecciosa Equina, proporcionando maior sensibilidade ao detectar maior número de animais positivos.


  • Mostrar Abstract
  • Equine Infectious Anemia is caused by a Lentivirus that affects equids all over the world and clinical manifestation ranges from an asymptomatic to a lethal disease. There is no reliable vaccine, so the disease control and management, as recommended by the sanitary authorities includes testing animals before relocation and euthanasia for the positive ones. Due to the gravity of the disease and the fact that the diagnosis settles the destiny of animals’ lives, it is crucial that diagnostic be the most accurate as possible. The golden standard diagnosis method is Agarose Gel Immunodiffusion (AGID) with virion core protein p26, obtained from eukaryotic cell culture, as antigen. As the technology has improved, it is possible to produce viral proteins using the recombinant DNA and use them as antigen to develop more effective tests. The precursor protein Pr55gag shares antigenicity with the structural proteins of EIAV into which it is cleaved, therefore it should promote greater sensitivity to the diagnostic test. This study aimed to produce the Pr55gag protein in a prokaryotic system to avaluate its potential as an antigen in serological diagnosis. Thus, EIAV gag gene was inserted in plasmid pET_TEV that was cloned into Escherichia coli C41 (DE3) linage. This expression system was used to express the protein inducted with IPTG. The protein was purified on a histidine affinity column, underwent dialysis in PBS to remove excess salts and imidazole and was concentrated with a VivaSpin® system of centrifugation. The recombinant protein obtained from this methodology was used as an antigen in a Western blotting, in which 56 equine sera provided by the State Agricultural Defense Agency of Bahia (ADAB) and previously submitted to AGID were tested. Kappa coefficient of 0.82 indicates an almost perfect agreement between the results of both tests. In addition to being faster to perform, it is suggested that Western blotting with the recombinant protein is more sensitive, as it was able to identify more positive animals (23/56) than IDGA (19/56). Preliminary results suggest that the recombinant protein Pr55gag, obtained quickly, efficiently, with low cost and satisfactory yield, can be used as an antigen in diagnostic tests for Equine Infectious Anemia providing a more sensitive test by detecting a higher number of positive animals.

4
  • CAROLINA FERREIRA AMORIM
  • Atividade de porfirinas fotoativadas sobre Candida spp.

  • Orientador : VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO
  • MEMBROS DA BANCA :
  • Aristóteles Góes-Neto
  • SAMIRA ABDALLAH HANNA
  • VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO
  • Data: 28/07/2022

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  • Candida spp. é o principal gênero fúngico associado a infecções em seres humanos, e seu tratamento vem se tornando um desafio devido à produção de biofilme e ao seu perfil de resistência/multirresistência a antifúngicos convencionais. A terapia fotodinâmica antimicrobiana se destaca como tratamento caracterizado pelo amplo espectro de ação antimicrobicida, sendo capaz de induzir estresse oxidativo em microrganismos, e as porfirinas são fotossensibilizadores com alta seletividade aos patógenos. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo analisar a fotoinativação de diferentes espécies de Candida por duas porfirinas catiônicas (4-H2TMeP+ e 3-H2TMeP+) e uma aniônica (4-H2TPSP-). Foram realizados ensaios de microdiluição para determinação de CIM100, posterior determinação de CFM100, verificação da ação sobre biofilme, efeito potencializante do iodeto de potássio, determinação de espécie oxidativa envolvida através do uso de sequestradores, e análises em microscopia de força atômica (AFM). As porfirinas catiônicas foram significativamente eficientes na inativação de Candida albicans e espécies não-albicans com 100% de inibição de crescimento e atividade fungicida (CFM100/CIM100 < 4). As porfirinas catiônicas demonstraram interferência na formação de biofilme de Candida spp. O mecanismo fotooxidativo ativado por 3-H2TMeP+ em Candida spp. envolveu principalmente a produção de oxigênio singleto. O efeito fotooxidante nessas leveduras foi potencializado com a adição de iodeto de potássio. Na AFM, 3-H2TMeP+ foi capaz de reduzir a adesão de C. parapsilosis em superfície. Assim, conclui-se que o uso de fotossensibilizadores porfirínicos tem significativo potencial de originar um tratamento alternativo e/ou complementar para infecções causadas por diferentes espécies de Candida.


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  • Candida spp. is the main fungal genus associated to infections in humans, and its treatment has become a challenge due to the production of biofilm and its resistance/multi-resistance profile to conventional antifungals. Antimicrobial photodynamic therapy stands out as a treatment characterized by a broad spectrum of antimicrobial action, being able to induce oxidative stress in different microorganisms, and porphyrins are photosensitizers with high selectivity to pathogens. Thus, this work aimed to analyze the photoinactivation of different species of Candida by two cationic (4-H2TMeP+ and 3-H2TMeP+) and one anionic (4-H2TPSP-) porphyrins. Microdilution assays were performed to determine the MIC100, with subsequent determination of MFC100, verification of the action on biofilm, determination of the oxidative species involved through the use of scavengers, potentiation with iodide, and analysis using the atomic force microscopy (AFM). Cationic porphyrins were significantly efficient in inactivating Candida albicans and non-albicans species with 100% growth inhibition and fungicidal activity (MFC100/MIC100 < 4). The cationic porphyrins were able to interfere in Candida spp biofilm formation. The photooxidative mechanism activated by 3-H2TMeP+ in Candida spp. involved mainly the production of singlet oxygen. The photooxidant effect in these yeasts was potentiated with the addition of potassium iodide. In the AFM, 3-H2TMeP+ was able to reduce C. parapsilosis adhesion to the surface. Thus, it is concluded that the use of porphyrin photosensitizers has significant potential in the development of an alternative and/or complementary treatment for infections caused by different Candida species.

2021
Dissertações
1
  • ICARO SANTOS LOPES
  • Investigação do papel do sistema CRISPR na interação entre bactérias, plantas e vírus

  • Orientador : MILTON RICARDO DE ABREU ROQUE
  • MEMBROS DA BANCA :
  • BRENA MOTA MOITINHO SANT'ANNA
  • MILTON RICARDO DE ABREU ROQUE
  • PEDRO MILET MEIRELLES
  • THIAGO LUIZ DE PAULA CASTRO
  • VIVIANE GRAZIELLE DA SILVA
  • Data: 22/02/2021

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  • Uma das descobertas mais impactantes da biotecnologia nesta década foi um mecanismo de defesa encontrado em procariotos que, na prática, concede imunidade adaptativa ao organismo que o possui. Denominado CRISPR, este mecanismo consiste na integração ao genoma de sequências de organismos invasores, gerando uma “memória” celular. Ainda há poucos estudos sobre o papel do CRISPR nas interações de procariotos com o ambiente e outros seres além dos vírus. Também pouco se sabe sobre como se dá o processo de aquisição deste sistema por parte das bactérias e sua prevalência dentro de espécies de interesse econômico, como fitopatógenos. O presente trabalho tem o objetivo de identificar e classificar as sequências do sistema CRISPR presentes nos genomas de bactérias do gênero Xanthomonas, avaliando o impacto das mesmas no tipo de interação da bactéria com a planta hospedeira e os vírus encontrados neste tipo de ambiente. Em adição, o trabalho pretende verificar as hipóteses sobre a origem destas sequências em cada espécie do gênero Xanthomonas, considerando a influência do meio e a herança por um ancestral comum. Foram

    analisados 239 genomas completos do gênero Xanthomonas, com 102 apresentando sequências CRISPR. O conjunto de resultados sugerem que tanto da herança a partir de um ancestral comum quanto do conjunto de fatores ambiental no ambiente que a bactéria coloniza influenciam na presença, ausência e caracterização das sequências relacionadas ao sistema CRISPR em Xanthomonas. Portanto, é possível que ambas as hipóteses iniciais estejam parcialmente corretas. A grande diversidade genética nos spacers espalhados pelos genomas deste gênero indicam uma intensa rede de interações ambientais às quais as bactérias são submetidas para desempenhar função fitopatogênica.


  • Mostrar Abstract
  • One of the decade’s most important discoveries in biotechnology is a defense mechanism found in prokaryotes that concedes adaptative immunity to its owner. This system called CRISPR (Clustered Regulatory Interspaced Short Palindromic Repeats) consists in genomic integration of some sequences from bacteriophages, creating cellular “memory”. At this point, there are few studies about CRISPR’s role in prokaryotes’ interactions with the environment and organisms other than viruses. There is also little knowledge about how bacteria acquire this mechanism and its prevalence in species of economical interest, like phytopathogens. With this work, we intend to identify and classify CRISPR sequences found in the Xanthomonas genus, describing how this system affects interactions between the bacteria, their host plants and environmental viruses. In addition, we verify the hypothesis concerning these sequences’ origins in each Xanthomonas species, considering environmental influences and inheritance from a common ancestor. 239 complete Xanthomonas genomes were analyzed and CRISPR sequences were found in 102 of them. The final results imply that both environmental conditions and the common ancestor play a part to determine the presence, absence and characterization of CRISPR sequences in Xanthomonas. Therefore, it’s possible that both hypotheses are partially correct. Vast diversity observed in the spacers across the genomes indicates an intense network of environmental interactions to which bacteria are subordinated in order to carry out their phytopathogenic role.

2
  • SUSANNA RITA OLIVEIRA SCHUMACHER
  • Estudo genômico comparativo de Serratia marcescens utilizando uma linhagem fitopatogênica isolada na Bahia

  • Orientador : THIAGO LUIZ DE PAULA CASTRO
  • MEMBROS DA BANCA :
  • SAMIRA ABDALLAH HANNA
  • SANDEEP TIWARI
  • THIAGO LUIZ DE PAULA CASTRO
  • Data: 06/12/2021

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  • Serratia marcescens é uma espécie ubíqua com um comportamento complexo no ambiente, agindo como um patógeno oportunista em animais e vegetais, endossimbionte através de endofitismo e também encontrado em forma de vida livre em solos, água e alimentos. Para o estabelecimento de uma relação microrganismohospedeiro, é necessário que as bactérias sejam capazes de colonizar, adaptar-se e aderir aos tecidos hospedeiros internos. Para isso, as bactérias desenvolveram diversos sistemas de secreção, que desempenham um papel importante na adesão, motilidade, competição com outros microrganismos, e na secreção de fatores de virulência. Neste trabalho descrevemos a seqüência genômica, montagem e anotação do isolado fitopatogênico S. marcescens BP2 seguido por análises comparativas de sete genomas de S. marcescens, sendo eles dos patógenos oportunistas de humanos, dois endófitos, um fitopatogênico e dois de vida livre, depositados no banco de dados do NCBI. O objetivo deste estudo foi compreender as relações filogenéticas e identificar genes e os sistemas de secreção correlacionados com o estilo de vida diverso deste grupo de bactérias. As análises filogenômicas e de ANI, revelaram a ocorrência de dois diferentes grupos na árvore taxonômica: um composto de fitopatogênicos e de vida livre e um de endofíticas e patogênicas oportunistas. Complementarmente, a busca de grupos de genes ortólogos demonstraram que todas as cepas compartilham um total de 3862 clusters, enquanto os mesmos grupos presentes nas análises filogenômicas, compartilham uma maior quantidade de clusters entre si. A busca por componentes estruturais dos sistemas de secreção foi realizada através da ferramenta TXSScan e foi possível encontrar a presença dos sistemas do tipo I, V e VI em todos os isolados. Além do mais, pudemos observar a presença de diversos fatores de virulência em cepas patogênicas e igualmente em cepas endofíticas, sugerindo que esses genes possam contribuir para a competitividade e a capacidade de adaptação dessa bactéria no ambiente. Por fim, a apresentação de um genoma completo de S. marcescens fitopatogênica pode auxiliar em futuros estudos pangenômicos desta espécie.


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  • Serratia marcescens is a ubiquitous species with a complex behavior in the environment, acting as an opportunistic pathogen in animals and plants, endosymbiont through endophytism and also found in free-living form in soil, water and food. For a microorganism-host relationship to be established, bacteria must be able to colonize, adapt, and adhere to internal host tissues. To this end, bacteria have developed several secretion systems, which play an important role in adhesion, motility, competition with other microorganisms, and the secretion of virulence factors. In this work we describe the genome sequence, assembly and annotation of the phytopathogenic isolate S. marcescens BP2 followed by comparative analyses of seven S. marcescens genomes, being those of opportunistic human pathogens, two endophytes, one phytopathogenic and two free-living, deposited in the NCBI database. The aim of this study was to understand the phylogenetic relationships and to identify genes and secretion systems correlated with the diverse lifestyle of this group of bacteria. Phylogenomic and ANI analyses, revealed the occurrence of two different groups in the taxonomic tree: one composed of phytopathogenic and free-living and one of endophytic and opportunistic pathogens. Additionally, the search for orthologous gene clusters demonstrated that all strains share a total of 3862 clusters, while the same groups present in the phylogenomic analyses, share a greater amount of clusters among themselves. The search for structural components of the secretion systems was performed using the TXSScan tool and it was possible to find the presence of type I, V and VI systems in all isolates. Moreover, we could observe the presence of several virulence factors in pathogenic strains and also in endophytic strains, suggesting that these genes may contribute to the competitiveness and adaptability of this bacterium in the environment. Finally, the presentation of a complete genome of phytopathogenic S. marcescens may help in future pangenomic studies of this species.

2020
Dissertações
1
  • TAMIRES PASCOAL DOS SANTOS
  • A INFLUÊNCIA DE ÁCIDOS HÚMICOS COMBINADA COM CONCENTRAÇÕES DE NUTRIENTES E VALORES DE pH NA COMUNIDADE DE HIFOMICETOS AQUÁTICOS

  • Orientador : ADRIANA OLIVEIRA MEDEIROS
  • MEMBROS DA BANCA :
  • ADRIANA OLIVEIRA MEDEIROS
  • PATRICIA FIUZA
  • PAULA BENEVIDES DE MORAIS
  • Data: 07/08/2020

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  • Os fungos hifomicetos aquáticos são os principais responsáveis pelo processo de decomposição da matéria orgânica alóctone em córregos da cabeceira. Riachos de águas negras apresentam baixa taxa de decomposição foliar, biomassa fúngica e diversidade reprodutiva de hifomicetos aquáticos. Nossa hipótese é de que as taxas de decomposição e colonização de fungos sejam baixas devido à baixa concentração de nutrientes, pH ácido e maior concentração de ácido húmico nesses riachos. Em condições de microcosmos, testamos um planejamento fatorial completo (3 [níveis de ácido húmico: 5 e 24mgL-1] x 2 [níveis de nutrientes: 0,05mgL-1 de nitrogênio e 0,07mgL-1 de fósforo e 0,5mgL-1 de nitrogênio e 0,7 mgL -1 de fósforo x 2 [duas faixas de pH: 4 e 7,8] + 3 [controles: água do rio] x 3 repetições). Folhas senescentes de Miconia albicans foram incubadas em sacos de malha fina por 15 dias em 3 riachos para colonização por hifomicetos aquáticos. No laboratório, um conjunto de 10 discos das folhas pré-colonizadas, de cada riacho de incubação, foi distribuído em cada tratamento. A cada três dias, a solução nutritiva contendo os esporos da suspensão era alterada e preservada em formalina (4%) para determinar a riqueza, a densidade e a taxa de reprodução dos hifomicetos aquáticos. Foram identificadas 15 espécies de hifomicetos aquáticos associados aos detritos foliares durante o experimento. Flagelospora curvula, Lunullopora curvula e Triscelophorus monosporus foram os organismos de maior abundância na produção de conídios. O nitrogênio foi o principal fator que impulsiona a biomassa, a densidade e a riqueza de esporulação dos fungos, mas não a decomposição foliar. Modelos estatísticos utilizados sugerem que altas concentrações de ácido húmico, baixa disponibilidade de nitrogênio e pH ácido afetam negativamente o processo de decomposição das folhas e alteram a comunidade de hifomicetos aquáticos. Embora nosso estudo tenha sido realizado in vitro, novas hipóteses sobre o processo de decomposição em águas negras da savana tropical brasileira podem apontar investigações futuras nesse ecossistema único, principalmente para entender as interações entre substâncias húmicas e hifomicetos aquáticos.


  • Mostrar Abstract
  • Aquatic hyphomycete fungi are primary responsible for the process of decomposition in the allochthonous organic matter in headwater streams. Black waters streams have low leaf decomposition rate, fungal biomass and reproductive diversity of aquatic hyphomycetes. We hypothesize that the rates of fungal decomposition and colonization are low due to the low concentration of nutrients, acid pH and higher concentration of humic acid in these streams. In a microcosms conditions we tested a complete factorial design (3 [humic acid levels: 5 and 24mgL-1] x 2 [nutrient levels: 0.05mgL-1 nitrogen and 0.07mgL-1 phosphorus and 0.5mgL- 1 of nitrogen and 0.7 mgL-1 of phosphorus x 2 [two pH ranges: 4 and 7.8] + 3 [controls: river water] x 3 replicates). Senescent leaves of Miconia albicans were incubated in fine mesh bags for 15 days in 3 clear water streams for colonization by aquatic hyphomycetes. In the laboratory, a set of 10 discs from the pre-colonized leaves, for each incubation stream, was distributed in each treatment. Every three days the nutrient solution containing the suspension spores was changed and preserved in formalin (4%) to determine the richness, density and reproduction rate of the aquatic hyphomycetes. We identified 15 species of aquatic hyphomycetes associated with leaf litter in breakdown process. Flagelospora curvula, Lunullopora curvula and Triscelophorus monosporus were the most abundance organism in conidia production. Nitrogen was the main factor that drive fungal biomass, fungal sporulation density and richness, but not leaf litter breakdown. Statistical models suggest that higher concentrations of humic acid, low nitrogen availability and acidic pH negatively affect the leaf decomposition process and alter the aquatic hyphomycete community. Although, our study was carried out in vitro, new hypotheses about the decomposition process in black waters of tropical Brazilian savannah may note future investigations in this unique ecosystem, mainly to understand the interactions between humic substances and aquatic hyphomycetes.

2
  • TIAGO SOUSA DA SILVA
  • Caracterização molecular de cepas do Complexo Mycobacterium
    tuberculosis isoladas de pacientes de um centro referência em
    investigação da tuberculose

  • Orientador : MELISSA HANZEN PINNA VALENTIM
  • MEMBROS DA BANCA :
  • MELISSA HANZEN PINNA VALENTIM
  • JOICE NEVES REIS PEDREIRA
  • SORAIA MACHADO CORDEIRO
  • Data: 12/11/2020

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  • A tuberculose é uma doença infecto-contagiosa causada por micobactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB), doença que afeta primariamente os pulmões. O uso de ferramentas baseadas em biologia molecular tem permitido o avanço no campo da medicina humana, animal e ambiental, trazendo muitos benefícios no diagnóstico das doenças infecciosas, reduzindo significativamente o tempo desde o diagnóstico até a instituição do tratamento aliado a esse avanço, técnicas como o spoligotyping associado a epidemiologia clássica tem permitido identificar cadeias de transmissão podendo ser usado para avaliar a eficiência dos programas de controle da doença em diversas partes do mundo. O presente estudo objetiva-se investigar a diversidade genética de cepas do complexo MTB isoladas de pacientes em um centro de referência em investigação da tuberculose. Foram incluídos neste estudo isolados bacterianos pertencentes ao complexo MTB, oriundos de amostras de escarro enviadas ao Laboratório de Bacteriologia da Fundação Jose Silveira para diagnóstico micobacteriológico, com descontaminação pelo método NALC-NaOH, durante o período de 2016 a 2018. Os isolados foram genotipados pela técnica spoligotyping e os resultados foram analisados visualmente e inscritos em formato binário e comparados com os padrões descritos no banco de dados SITVIT a fim de identificar o Spoligo Internacional Type (SIT) correspondente. As 46 amostras com perfil genético completo na hibridização foram classificadas em 26 SIT. A linhagem LAM foi a mais frequente 43,1% (22/51). Em relação à sensibilidade antimicrobiana dos 150 isolados genotipados como M.tuberculosis, 143/150 (95,3%) apresentaram sensibilidade in vitro a todas as drogas testadas enquanto 7/150 (4,7%) apresentaram resistência a pelo menos uma droga anti-TB. A genotipagem auxiliou na descoberta de casos epidemiologicamente relacionados, foi possível observar três regiões com maior concentração de casos nos bairros. Acreditamos que o conhecimento sobre as características desses pacientes irá contribuir para o desenvolvimento de políticas que visem melhorar o diagnóstico e tratamento dos pacientes. Sendo assim, esse estudo muito contribuirá para o fornecimento de indicadores laboratoriais para o controle da tuberculose e servirá na tomada de decisão pelos municípios brasileiros.


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  • Tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis Complex (CMTB) mycobacteria, a disease that primarily affects the lungs. The use of tools based on molecular biology has allowed advances in the field of human, animal and environmental medicine, bringing many benefits in the diagnosis of infectious diseases, significantly reducing the time from diagnosis to the institution of treatment combined with this advance, techniques such as the spoligotyping associated with classical epidemiology has enabled the identification of transmission chains and can be used to assess the efficiency of disease control programs in different parts of the world. This study aims to investigate the genetic diversity of MTB complex strains isolated from patients at a reference center for tuberculosis investigation. This study included bacterial isolates belonging to the MTB complex, originating from sputum samples sent to the Bacteriology Laboratory of the Jose Silveira Foundation for mycobacteriological diagnosis, with decontamination by the NALC-NaOH method, during the period from 2016 to 2018. The isolates were genotyped by spoligotyping technique and the results were analyzed visually and entered in binary format and compared with the standards described in the SITVIT database in order to identify the corresponding Spoligo International Type (SIT). The 46 samples with complete genetic profile in hybridization were classified into 26 SIT. The LAM line was the most frequent 43.1% (22/51). Regarding the antimicrobial sensitivity of the 150 isolates genotyped as M.tuberculosis, 143/150 (95.3%) showed sensitivity in vitro to all drugs tested while 7/150 (4.7%) showed resistance to at least one anti-drug -ALSO. Genotyping helped in the discovery of epidemiologically related cases, it was possible to observe three regions with a higher concentration of cases in the neighborhoods. We believe that knowledge about the characteristics of these patients will contribute to the development of policies aimed at improving the diagnosis and treatment of patients. Therefore, this study will greatly contribute to the provision of laboratory indicators for the control of tuberculosis and will serve in decision making by Brazilian municipalities.

3
  • ARTUR FILIPE CANCIO RAMOS DOS SANTOS
  • IDENTIFICAÇÃO in silico DE VIAS REGULATÓRIAS TRANSCRICIONAIS NOS BIOFILMES DE Leptospira biflexa

  • Orientador : VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO
  • MEMBROS DA BANCA :
  • Aristóteles Góes-Neto
  • PABLO IVAN PEREIRA RAMOS
  • PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • PEDRO MILET MEIRELLES
  • SANDEEP TIWARI
  • VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO
  • Data: 18/11/2020

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  • Bactérias do gênero Leptospira compreendem 66 espécies genômicas incluindo grupos patogênico, intermediário e saprofítico. Leptospiras patogênicas são o agente etiológico da leptospirose, uma doença de impacto na saúde pública em todo o mundo. Os biofilmes conferem aos microrganismos uma maior sobrevivência em ambientes hostis e estão relacionados a várias condições médicas. Leptospiras formam biofilmes in vitro, in vivo e em ambientes naturais. Os mecanismos regulatórios da formação de biofilmes por Leptospira são pouco conhecidos. O objetivo deste estudo foi identificar os reguladores transcricionais envolvidos na formação de biofilme por Leptospira biflexa e descrever as redes de co-regulação integradas por esses reguladores. Primeiramente, coletamos os reguladores transcricionais previstos para Leptospira biflexa no banco de dados P2TF. Em seguida, realizamos uma busca por similaridade usando BLASTp, dos reguladores transcricionais contra dados gerados anteriormente em uma análise do transcriptoma de Leptospira biflexa nas condições de biofilme versus células planctônicas, em dois momentos de incubação: 48 horas (corresponde a biofilme maduro) e 120 horas (corresponde a biofilme tardio). Após a identificação dos genes reguladores de Leptospira biflexa, verificamos os seus níveis de expressão junto ao transcriptoma, nos fenótipos biofilme e planctônico. Foram encontrados 138 reguladores transcricionais preditos para esta espécie, compreendendo fatores sigma, sistemas de um componente, reguladores de resposta e outras proteínas de ligação ao DNA. Destes, 38 reguladores foram identificados como participantes da regulação do biofilme. Os genomas de Leptospira são pouco conhecidos, com metade deles composto de proteínas hipotéticas. Acreditamos que nossos resultados abrem caminho para a compreensão dos mecanismos regulatórios do biofilme de Leptospira.


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  • Bacteria of the genus Leptospira comprehend 66 genomic species including pathogenic, intermediate and saprophytic groups. Pathogenic leptospires are the etiologic agent of leptospirosis, a disease of public health impact worldwide. Biofilms improve survival of microorganisms in hostile environments and are related to various medical conditions. Leptospira forms biofilms in vitro and in vivo. Nevertheless, the regulatory mechanisms of biofilm formation in Leptospira are poorly known. We aimed in this study to identify transcriptional regulators involved in biofilm formation in Leptospira biflexa and describe the co-regulation networks of these regulators. First, we collected transcriptional regulators predicted for Leptospira biflexa in the P2TF database. Than, a similarity search was conducted using BLASTp of those regulators against previous data from a Leptospira biflexa transcriptome analysis of biofilm versus planktonic cells, in two time points: 48h (mature) and 120 h (late). After identifying regulatory genes in Leptospira biflexa, we checked for their expression levels. We found 138 transcriptional regulators predicted for this species, comprising sigma factors, one-component systems, response regulators and other DNA-binding proteins. From those, 38 presented were identified  as participating in biofilm regulation. Leptospira genomes are poorly known, with half of it composed of hypothetical proteins. We believe our results will pave the way for an initial comprehension of the regulatory mechanisms in Leptospira biofilm.

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  • LARISSA AMORIM TOURINHO DE VASCONCELOS
  • ANÁLISE GENÔMICA DA SINALIZAÇÃO MEDIADA POR c-di-GMP EM BIOFILME DE Leptospira biflexa


  • Orientador : PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • MEMBROS DA BANCA :
  • PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • CRISTIANE RODRIGUES GUZZO CARVALHO
  • PABLO IVAN PEREIRA RAMOS
  • Data: 27/11/2020

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  • Leptospira forma biofilmes in vitro e em ambientes naturais. A formação de biofilmes é induzida por sistemas de sinalização e, entre as moléculas sinalizatórias, di-GMP cíclico (c- di-GMP) é um importante mensageiro secundário envolvido na formação de biofilmes. Estudos de sinalização celular em biofilmes de Leptospira são escassos e pouco se sabe sobre a via de sinalização de c-di-GMP durante a formação de biofilmes Neste trabalho, realizamos um amplo estudo genômico no sistema de sinalização de c-di-GMP em Leptospira biflexa. Executamos buscas de similaridade e acessamos bases de dados para identificar genes relacionados ao c-di-GMP, predizemos funções enzimáticas e de ligação ao c-di-GMP, e investigamos a expressão dos genes identificados com base no conjunto de dados do transcriptoma de biofilmes de L. biflexa. Identificamos 22 genes codificantes de diguanilato ciclases (DGCs), fosfodiesterases (PDEs) e proteínas híbridas putativas. Destas, 16 genes são potencialmente funcionais. Dois genes codificando a DGC LEPBI_I2876 e a PDE LEPBI_I0099 apresentaram níveis de expressão que sugerem que estas proteínas modulam as concentrações de c-di-GMP durante o desenvolvimento de biofilme. Também detectamos nove genes efetores putativos, incluindo um ortólogo de pnp que é mais expresso em biofilmes maduros e quatro genes que apresentam domínios PilZ potencialmente funcionais. Nós também mostramos que csrA, bolA, hfq e fliA, reguladores de c-di-GMP conhecidos, foram expressos em biofilmes de L. biflexa. Adicionalmente, encontramos cinco genes da família TetR que são mais expressos durante a dispersão de biofilmes em L. biflexa, e sugerimos que esses genes podem induzir a dispersão de biofilmes através da repressão da sinalização de c-di-GMP. Ademais, propomos que Pnp, FliA e a DGC LEPBI_I2876 atuem de forma coordenada durante o desenvolvimento de biofilmes em L. biflexa. O presente trabalho, conduzido na espécie saprofítica L. biflexa, aponta componentes de uma via de sinalização de c-di-GMP que está em seus estágios iniciais de estudo em Leptospira.


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  • Leptospira form biofilms in vitro and in natural environments. Biofilm formation is driven by signaling systems and, amongst signaling molecules, cyclic di-GMP (c-di-GMP) is an important second messenger involved in biofilm formation. Studies in cell signaling in Leptospira biofilm are scarce and little is known about the c-di-GMP signaling pathway during biofilm formation. In this work, we performed a wide genomic study on the c-di- GMP signaling system in Leptospira biflexa. We executed similarity searches and accessed databases to identify c-di-GMP-related genes, predicted enzymatic and c-di-GMP-binding functions, and investigated the expression of the identified genes based on the L. biflexa biofilms transcriptome dataset. We identified 22 genes encoding putative diguanylate cyclases (DGCs), phosphodiesterases (PDEs) and hybrid proteins. From those, 16 genes were potentially functional. Two genes encoding the DGC LEPBI_I2876 and the PDE LEPBI_I0099 presented expression levels that suggested they modulated c-di-GMP concentration during biofilm development. We also detected nine putative effector genes, including a pnp ortholog that is more expressed in mature biofilms and four genes harbouring potentially functional PilZ domains. We also showed that csrA, bolA, hfq and fliA, known c- di-GMP regulators, were expressed in L. biflexa biofilms. Furthermore, we found five TetR family genes that were more expressed during biofilm dispersal in L. biflexa biofilm, and we suggested these genes could induce biofilm dispersal by repressing c-di-GMP signaling. Additionally, we proposed a coordinated action between Pnp, FliA and the DGC LEPBI_I2876 during biofilm development in L. biflexa. Finally, we were able to suggest a biological pathway for c-di-GMP signaling in L. biflexa. The present work, conducted in the saprophytic L. biflexa, pointed out components of a c-di-GMP signaling pathway that is in its early stages of study in Leptospira.

5
  • TALITA PEREIRA GOMES
  • INVESTIGAÇÃO DO PAPEL DO DNA EXTRACELULAR EM BIOFILMES DE Leptospira

  • Orientador : PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • MEMBROS DA BANCA :
  • ELIANE DE OLIVEIRA FERREIRA
  • PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • VITOR ANTONIO FORTUNA
  • Data: 11/12/2020

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  • DNA extracelular é um componente essencial para biofilmes bacterianos. Bactérias do gênero Leptospira formam biofilmes in vitro e no ambiente. Neste estudo realizamos uma análise estrutural e arquitetônica do biofilme de Leptospira biflexa, em relação ao papel do DNA extracelular. Nós digerimos biofilmes maduros (48h de crescimento) usando a enzima DNase I, seguido por análises de espectrofotometria da biomassa e de parâmetros estruturais por microscopia confocal. A destruição do DNA extracelular pela DNase causou destruição do biofilme. Comparando biofilmes tratados com DNase e não tratados (controle EMJH), a biomassa foi reduzida de 0,8 para 0,4 (p= 1,89E-02). Considerando a fluorescência do DNA extracelular, os seguintes parâmetros foram significativamente reduzidos: biomassa (de 2,0 μm3/μm2 para 0,05 μm3/μm2; p= 3,42E- 04), área de superfície (de 422462,1 μm2 para 21158, 6 μm2; p = 3,02E-04), espessura média (4,5 μm para 0,09 μm; p= 2,71E-05), coeficiente de rugosidade (0,4 para 1,9; p= 6, 97E-07) e razão superfície/biovolume (6,8 μm2/μm3 para 18,1 μm2/μm3; p= 2,24E- 04). Nossos resultados demonstraram importante alteração estrutural quando o biofilme foi tratado com a enzima DNase. Concluímos que o DNA extracelular é essencial para a arquitetura tridimensional do biofilme de Leptospira biflexa.


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  • Extracellular DNA is an essential component for bacterial biofilms. Bacteria of the genus Leptospira form biofilms in vitro and in natural environment. In this study we performed a structural and architectural analysis of Leptospira biflexa biofilm, with regard to the role of extracellular DNA. We digested mature biofilms (48h-growth) using DNase I enzyme, followed by spectrophotometry analysis of biomass and analysis of structural parameters by confocal laser scanning microscopy. The destruction of extracellular DNA by DNase caused biofilm disruption. Comparing biofilms treated with DNase and non-treated (EMJH control), biomass was reduced from 0,8 to 0,4 (p= 1,89E-02). Considering the fluorescence of extracellular DNA, the following parameters were significantly reduced: biomass (from 2,0 μm3/μm2 to 0,05 μm3/μm2; p= 3,42E-04), surface area (from 422462,1 μm2 to 21158,6 μm2; p= 3,02E-04), thickness average (4,5 μm to 0,09 μm; p= 2,71E-05), roughness coefficient (0,4 to 1,9; p= 6,97E- 07) and suface/biovolume ratio (6,8 μm2/μm3 to 18,1 μm2/μm3; p= 2,24E-04). Our results demonstrated an important structural change when the biofilm was treated with the DNase enzyme. We concluded that extracellular DNA is essential for the three- dimensional architecture of Leptospira biflexa biofilm.

2019
Dissertações
1
  • CAMILA PIMENTEL SOBRINHO
  • Prevalência de enterobactérias com potencial zoonótico em ratos urbanos de Salvador, Bahia

  • Orientador : FEDERICO COSTA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • FEDERICO COSTA
  • PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • SORAIA MACHADO CORDEIRO
  • Data: 17/01/2019

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  • Ratos urbanos (Rattus spp.) são considerados reservatórios naturais de vários patógenos zoonóticos incluindo espécies de enterobactérias que são responsáveis por diversas doenças infecciosas que acometem os seres humanos. Em virtude da falta de estudos avaliando a ocorrência de enterobactérias nesses animais em países tropicais como o Brasil, bem como a crescente emergência de resistência antimicrobiana, o presente trabalho teve como objetivo determinar a prevalência de enterobactérias com potencial zoonótico em ratos urbanos em Salvador. Os roedores foram capturados no período de abril à junho de 2018. Foram realizadas coletas de fezes através de swab retal, subsequentemente, cultivadas em meio de cultivo seletivos. Para identificação microbiológica, foram realizadas provas bioquímicas e caracterização sorológica. As amostras de Salmonella foram submetidas ao Vitek® para confirmação da espécie e perfil de sensibilidade. Os isolados de Escherichia coli foram submetidos à pesquisa de resistência à ceftriaxona e ertapenem. As cepas de Klebsiella pneumoniae foram avaliadas fenotipicamente para produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL). Foram capturados 72 ratos, 67 Rattus norvegicus e cinco Rattus rattus. Desses animais, foram isolados oito gêneros de enterobactérias: Escherichia 70,8 %, Citrobacter 38,9 %, Enterobacter 16,7 %, Klebsiella 16,7 %, Serratia 8,3 %, Proteus 4,2 %, Kluyvera 1,4 % e Salmonella 1,4 %. Salmonella foi resistente à cefalotina, cefuroxima, cefuroxima axetil, amicacina e gentamicina. Os isolados de E. coli foram sensíveis à ceftriaxona e ertapenem. As cepas de K. pneumoniae apresentaram fenótipo negativo para ESBL. E. coli diarreiogênicas (ECD) foram isoladas em 31,3 % dos 67 R. norvegicus. Os patotipos detectados com mais frequência foram E. coli produtora da toxina shiga (STEC) em 11,9 %, seguida de E. coli enteropatogênica atípica (aEPEC) em 10,4 % e E. coli enteroinvasora (EIEC) em 4,5 %. Dos cinco R. rattus, 40 % apresentaram ECD. Shigella não foi isolada de nenhum dos ratos analisados. Os achados de que os ratos albergam essas enterobactérias contribuem para aumentar a importância desses roedores como uma fonte potencial de agentes patogênicos para seres humanos, mas a epidemiologia destes microrganismos precisa ser investigada, assim como seu impacto na saúde dos moradores expostos a esses animais


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  • Urban rats (Rattus spp.) are considered natural reservoirs of several zoonotic pathogens, such as their enterobacteria that are responsible by several infectious diseases that affect the human kind. Studies evaluating the occurrence of enterobacteria, as well as the antimicrobial resistances, in these animals in urban communities of tropical countries are non-existent, therefore, this study aimed to determine the prevalence of enterobacteria with zoonotic potential in urban rats in Salvador, Brazil. Rats were trapped between April and June 2018. Fecal samples were obtained through rectal swab, thereafter cultivated in selective medium. For microbiological identification, biochemical proofs and serologic characterization were performed. Salmonella samples were submitted to Vitek® for species confirmation and susceptibility profile. Escherichia coli isolates were submitted to evaluations on resistance to ceftriaxone and ertapenem. Klebisiella pneumoniae strains were phenotypically evaluated for production of extended spectrum β-lactamases (ESBL). 72 rats were captured, 67 R. norvegicus and five R. rattus. Eight enterobacteria genera were isolated from rat samples: Escherichia 70.8 %, Citrobacter 38.9 %, Enterobacter 16.7 %, Klebsiella 16.7 %, Serratia 8.3 %, Proteus 4.2 %, Kluyvera 1.4 % and Salmonella 1.4 %. Salmonella was resistant to cefalotin, cefuroxime, axetil, amikacin and gentamicin. E. coli isolates were susceptible to ceftriaxone and ertapenem. Klebsiella pneumoniae strains presented negative phenotype for ESBL. Diarrheagenic E. coli (DEC) were isolated in 31.3 % of the 67 R. norvegicus. The pathotypes detected more frequently were shiga toxin E. coli (STEC) in 11.9 %, followed by atypical enteropathogenic E. coli (aEPEC) in 10.4 % and enteroinvasive E. coli (EIEC) in 4.5 %. From the five R. rattus, 40 % presented DEC. Shigella was not isolated from any of the rats analyzed. Our findings indicate that rats are host of several enterobacteria and contribute to increase the importance of rodents as potential sources of pathogenic agents for humans. Although the epidemiology of these microorganisms needs to be further investigated, as well as its impact in the health of residents who have contact with these animals

2
  • JULIANA DOS SANTOS DAHORA ALMEIDA
  • AS ÁGUAS PRETAS AFETAM A ATIVIDADE DOS FUNGOS DECOMPOSITORES HIFOMICETOS AQUÁTICOS?

  • Orientador : ADRIANA OLIVEIRA MEDEIROS
  • MEMBROS DA BANCA :
  • ADRIANA OLIVEIRA MEDEIROS
  • MILTON RICARDO DE ABREU ROQUE
  • PAULA BENEVIDES DE MORAIS
  • Data: 28/03/2019

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  • Hifomicetos aquáticos (HA) são fungos decompositores de matéria orgânica vegetal submersa em riachos de cabeceira. O objetivo deste trabalho foi avaliar se as águas pretas (água cor de chá) afetam a reprodução e atividade decompositora dos HA. Para tanto foram realizados dois experimentos. No experimento I folhas de Miconia albicans e Davilla angustifólia (Mata Atlântica); Clusia burlemaxxi e Vochysia acuminata (Cerrado) foram incubadas em riachos de seus respectivos biomas (Cerrado representando águas pretas e Mata Atlântica riachos de águas claras). Não houve diferença nas taxas de decomposição entre os riachos de águas claras e águas pretas, mas a taxa de esporulação e biomassa de fungos foi superior nos riachos de águas claras. Experimento II: Folhas de M. albicans e C. burlemaxxi foram incubadas em riachos de seus respectivos biomas e após os 15 dias de incubação metade do experimento foi transplantado entre os riachos (sacos retirados dos riachos de águas claras foi alocado nos riachos de águas escuras e vice versa).  Após o transplante as taxas de decomposição foram levemente aceleradas, mas não houve diferença significativa entre os tratamentos (RM-ANOVA p>0,05). Vinte e uma espécies de HA foram identificadas associadas às folhas em decomposição sem mudança na estrutura da comunidade de espécies após o transplante de riachos. A taxa de esporulação e biomassa de fungos foi maior nos riachos de águas claras. Assim, concluímos que as águas pretas são desfavoráveis para a atividade reprodutiva dos HA.


  • Mostrar Abstract
  • Aquatic hyphomycetes (AH) are decomposer fungus of submersed organic matter. The objective of this work was to evaluate whether black waters affect the reproduction and activity of AH. For this matter, we executed two experiments. Experiment 1: leaves of Miconia albicans and Davilla angustifólia (Atlantic Forest); Clusia burlemaxxi and Vochysia acuminata (Brazilian savanna) were incubated in a low order stream of their respective biomes (the Brazilian savanna stream representing black waters and the Atlantic forest stream representing white waters). We did not find a significative difference in the decomposition rates between the black waters and white waters streams; however, sporulation rate and fungal biomass were higher in the white waters streams. Experiment 2: leaves of M. albicans e C. burlemaxxi were incubated in streams of their respective biomes, and after 15 days of incubation, half of the experiment was transplanted between the streams (litter bags from white waters streams were placed into black waters streams and vice versa). After the transplant the decomposition rates were slightly accelerated, but there was no significative difference between treatments (RM-ANOVA p>0,05). Twenty-one (21) AH species were identified associated to decomposing leaves. No structural change in the AH community was detected after the streams transplant. The sporulation rate and the fungal biomass were higher in the white waters streams. Therefore, we assume that black waters are unfavorable for the reproductive activity of AH.

3
  • CATHERINE BORGES MACÊDO
  • Análise sequenciada da presença do vírus zika nas excretas de Aedes aegypti pós-infecção oral

  • Orientador : SILVIA INES SARDI
  • MEMBROS DA BANCA :
  • SILVIA INES SARDI
  • GUBIO SOARES CAMPOS
  • ARTUR GOMES DIAS LIMA
  • Data: 30/04/2019

  • Mostrar Resumo
  • Introdução e objetivos: O vírus zika (ZIKV) é veiculado principalmente pelo Aedes aegypti, que encontrou nas Américas condições favoráveis a sua propagação. Ocorrem nas cidades o ressurgimento de surtos, levando-nos a investigação da possibilidade do ZIKV manter-se na natureza através de uma nova via disseminadora. O objetivo deste estudo foi avaliar, após infecção experimental oral do Ae. aegypti com ZIKV, a replicação, excreção viral e capacidade infectante do vírus nas excretas. Métodos: Mosquitos foram infectados com ZIKV e acompanhados sequencialmente para avaliar a excreção viral pelas fezes, o intestino, túbulos de Malpighi e glândula salivar foram dissecados para verificar a presença do vírus por RT-qPCR. Analisamos por isolamento viral em cultivo celular a capacidade infectante do vírus das excretas. Resultados: Identificamos a presença do ZIKV nas excretas entre 1 a 3, 6 a 10, 14 e 15 dias pós-infecção (dpi). Verificamos a presença viral no intestino, túbulo de Malpighi com 6 e 11 dpi e na glândula salivar com 13 e 15 dpi. Confirmamos por isolamento viral em cultivo celular a excreção do vírus comprovadamente infeccioso. Discussão e conclusão: A presença viral com 3 dpi já não condiz com uma carga viral residual já que a digestão total do sangue já ocorreu. A detecção do ZIKV presente no intestino e nos túbulos de Malpighi e posteriormente na glândula salivar sugere a disseminação do vírus. A replicação viral em células C6/36 inoculadas com as excretas demostra que o vírus conserva-se viável. Os resultados sugerem uma possível via secundária potencial para propagação do ZIKV na natureza.


  • Mostrar Abstract
  • Background & objectives: The zika virus (ZIKV) is transmitted by Aedes aegypti, which found favorable conditions in the Americas for its propagation. The resurgence of outbreaks occurring in cities, led us to investigate the possibility of the ZIKV being kept in nature through a new route of dissemination. The objective of this study was evaluate, after oral infection of Ae. aegypti with ZIKV, replication, viral excretion and infective capacity of the virus in the excreta.  Methods: Mosquitoes were infected with ZIKV and monitored sequentially to assess viral excretion by excreta, midgut, Malpighian tubules and salivary glands were dissected to verify the presence of the virus by RT-qPCR. We analyzed by virus isolation in cell culture the infecting capacity of the virus in excretas. Results: We identified the presence of ZIKV in the excreta between 1 to 3, 6 to 10, 14 and 15 days post infection (dpi). We verified the viral presence in the midgut, Malpighian tubules with 6 and 11 dpi, and salivary glands with 13 and 15 dpi. We confirmed by virus isolation in cell culture the excretion of the virus provably infectious. Interpretation & conclusion: The viral presence at 3 dpi is no longer related to a residual viral load since the total digestion of blood has already occurred. The detection of ZIKV present in the midgut, Malpighian tubules and later in the salivary glands suggests the a viral dissemination. Viral replication in C6/36 cells inoculated with the excreta shows that the virus remains viable. The results suggest a possible potential secondary pathway for propagation of ZIKV in nature.

2018
Dissertações
1
  • PRISCYLA DOS SANTOS RIBEIRO
  • REVISITANDO O CRESCIMENTO DE LEPTOSPIRAS ATRAVÉS DE BIOFILMES: UMA DIMINUIÇÃO NO METABOLISMO DE CRESCIMENTO

  • Orientador : PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • MEMBROS DA BANCA :
  • PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
  • ANGELA SILVA BARBOSA
  • LUCY SELDIN
  • Data: 28/11/2018

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  • Os biofilmes são o principal modo de vida no qual os microrganismos são encontrados na
    natureza. Nesse fenótipo, bactérias apresentam características metabólicas únicas, incluindo
    mudanças no crescimento, como tamanho celular e tempo de geração. Leptospiras, cujas
    espécies patogênicas causam a leptospirose, formam biofilmes in vitro e em ambientes
    naturais. Há pouca informação sobre o metabolismo de leptospiras em biofilmes. Neste
    trabalho nós analisamos aspectos fisiológicos e genômicos do crescimento de Leptospira em
    biofilmes. Nós cultivamos a espécie saprofítica Leptospira biflexa em biofilmes (BIOF) e
    planctônicas (PLANK) por sete dias a 29ºC. Realizamos curvas de crescimento através da
    contagem de bactérias a cada 12 h. Para o teste de viabilidade celular, nós coramos os
    biofilmes com o reagente Live / Dead, com observação em microscópio de fluorescência.
    Medimos o comprimento celular para avaliação morfológica durante as fases do
    crescimento. Analisamos a expressão diferencial da proteína estrutural OmpL36 através de
    Western blotting, comparando BIOF e PLANK. Finalmente, realizamos análise de
    homologias de genes de crescimento no genoma completo de L. biflexa e da expressão
    transcricional dos genes identificados (Bioproject PRJNA288909). Células de BIOF e
    PLANK apresentaram curvas clássicas de crescimento. O tempo de geração (TG) médio foi
    de 4,9 h (± 0,32) para BIOF, duas horas a menos do que para PLANK (6,9 h ± 0,24). Apesar
    do crescimento mais rápido demonstrado pelo TG menor, a concentração de células de BIOF
    foi aproximadamente dez vezes menor do que de PLANK. O teste de viabilidade mostrou
    que leptospiras no biofilme começam a morrer precocemente, com 24 h de incubação, em
    plena fase exponencial, o que pode explicar a menor concentração de células observada para
    este fenótipo. Além disso, observamos regulação negativa de 58% dos genes de crescimento
    no biofilme. Essa mudança foi mais proeminente no biofilme maduro (48 h), quando as
    células estão em transição para o estado estacionário. As análises de comprimento celular
    mostraram BIOF mais longas durante as fases estacionária e de declínio. A proteína OmpL36
    foi mais expressa no biofilme maduro do que em células planctônicas. Coletivamente, nossos
    dados fornecem evidências de mudanças metabólicas e limitação do crescimento de
    Leptospira em biofilmes.


  • Mostrar Abstract
  • Biofilms are the main way of life of microorganisms in nature. In this phenotype, bacteria
    have unique metabolic characteristics, including changes in growth such as cell size and
    generation time. Leptospires, whose pathogenic species cause leptospirosis, form biofilms
    in vitro and in natural environments. There is little information on the metabolism of
    leptospires in biofilms. In this work we analyzed physiological and genomic aspects of
    Leptospira growth in biofilms. We cultivated the saprophytic species Leptospira biflexa in
    biofilms (BIOF) and planktonic cells (PLANK) for seven days at 29ºC. We performed
    growth curves by counting bacteria every 12 h. For the cell viability test, we stained the
    biofilms with the Live / Dead reagent, with observation under a fluorescence microscope.
    We measured the cell length for morphological evaluation during the growth phases. We
    analyzed the differential expression of OmpL36 structural protein by Western blotting,
    comparing BIOF and PLANK. Finally, we performed analysis of growth gene homologies
    in the complete genome of L. biflexa and of the transcriptional expression of the identified
    genes (Bioproject PRJNA288909). BIOF and PLANK cells presented classic growth curves.
    The mean generation time (GT) was 4.9 h (± 0.32) for BIOF, two hours less than for PLANK
    (6.9 h ± 0.24). Despite the faster growth demonstrated by lower GT, the cell concentration
    of BIOF was approximately ten times lower than that of PLANK. The viability test showed
    that leptospires in the biofilm began to die earlier, with 24 h of incubation, during
    exponential phase, which may explain the lower concentration of cells observed for this
    phenotype. In addition, we observed negative regulation of 58% of growth genes in the
    biofilm. This change was more prominent in mature biofilm (48 h) when cells are in
    transition to stationary state. Cell length analyzes showed longer BIOF cells during
    stationary and decline phases. The OmpL36 protein was more expressed in the mature
    biofilm than in planktonic cells. Collectively, our data provide evidence of metabolic
    changes and growth limitation of Leptospira in biofilms.

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  • JOSY DE LIMA GODOI
  • Identificação fenotípica e molecular de estirpes de E. coli provenientes de camarões (litopenaeus
    vannamei) obtidos do comércio informal em região de clima tropical

  • Orientador : MELISSA HANZEN PINNA VALENTIM
  • MEMBROS DA BANCA :
  • MELISSA HANZEN PINNA VALENTIM
  • JOICE NEVES REIS PEDREIRA
  • JOSE ROBERTO PINHO DE ANDRADE LIMA
  • Data: 29/11/2018

  • Mostrar Resumo
  • Grande parte da comercialização de camarão em países tropicais é in natura e
    realizada através do comércio informal, com precária condição higiênico-sanitária, favorecendo a contaminação
    do alimento, principalmente por E. coli e consequente risco de infecção entérica para a população, através da
    exposição a cepas virulentas produtoras de ESBL e com relevância para a saúde pública. Objetivou-se a
    investigação de genes de virulência e de resistência em isolados de E. coli, obtidos de camarões (Litopenaeus
    vannamei), comercializados informalmente, através da identificação fenotípica e molecular. Para tanto, foram
    coletadas 22 amostras de camarões (500g, cada). Após maceração e diluição seriada, foi determinado o índice
    colimétrico para coliformes totais e termotolerantes e em seguida, o cultivo para isolamento e identificação
    fenotípica pelo sistema automatizado (VITEK® 2), bem como o teste para a resistência microbiana. Quanto à
    pesquisa dos genes de virulência e resistência realizou-se a reação em cadeia da polimerase para a
    caracterização molecular. Foram obtidos 24 isolados de E. coli, sendo 17 cepas comensais (17/24 - 70,8%) e sete
    cepas patogênicas (7/24 – 29,2%), incluindo quatro isolados EIEC (4/7 – 57,1%), dois isolados STEC (2/7 –
    28,6%); um EHEC do sorotipo O157: H7 (1/7 – 14,3%) e uma híbrida STEC/ETEC (1/7 – 14,3%). O gene
    codificador de ESBL CTX-M foi identificado em 25% dos isolados (uma EHEC e cinco comensais). A identificação
    de patotipos de E. coli com perfil de resistência em camarões demonstra a circulação de genes e a relevância
    para a saúde pública uma vez que contribui para ocorrência de infecções resistentes à abordagem terapêutica,
    principalmente em países com fins turísticos, os quais recepcionam pessoas de diversas nacionalidades, o que
    ratifica a importância da segurança alimentar para a saúde pública.


  • Mostrar Abstract
  • Many of the commercialization of shrimp in tropical countries is in natura and carried out through informal trade, with a precarious hygienic-sanitary condition, favoring the contamination of the food, mainly by E. coli and consequent risk of enteric infection for the population, through exposure to virulent ESBL-producing strains with relevance to public health. The objective of this study was to investigate virulence and resistance genes in E. coli isolates obtained from shrimp (Litopenaeus vannamei), marketed informally, through phenotypic and molecular identification. For this, 22 shrimp samples (500g, each) were collected. After maceration and serial dilution, the colimetric index was determined for total and thermotolerant coliforms and then the culture for isolation and phenotypic identification by the automated system (VITEK® 2), as well as the test for microbial resistance. As for the virulence and resistance genes, the polymerase chain reaction was carried out for molecular characterization. There were obtained 24 E. coli isolates, including 17 commensal strains (17/24 – 70,8%) and seven pathogenic strains (7/24 – 29,2%), including four EIEC isolates (4/7 – 57,1%), two STEC isolates (2/7 – 28,6%); an O157: H7 serotype EHEC (1/7 – 14,3%) and an STEC / ETEC hybrid (1/7 – 14,3%). The gene encoding ESBL CTX-M was identified in 25% of the isolates (one EHEC and five commensals). The identification of E. coli pathophyses with resistance profile in shrimps demonstrates gene circulation and relevance for public health since it contributes to the occurrence of infections resistant to the therapeutic approach, mainly in countries with tourist purposes, which receive people of different nationalities, which ratifies the importance of food safety for public health.

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  • AMANDA OLIVEIRA DOS SANTOS MELO NASCIMENTO
  • DO FENÓTIPO AO GENÓTIPO: RECONSTRUÇÃO DO METABOLISMO ASSOCIADO À CONVERSÃO DE LIGNINA EM BACTÉRIAS LIGNOLÍTICAS DO GÊNERO KLEBSIELLA ISOLADAS DO BIOMA CAATINGA

  • Orientador : THIAGO BRUCE RODRIGUES
  • MEMBROS DA BANCA :
  • THIAGO BRUCE RODRIGUES
  • PEDRO MILET MEIRELLES
  • AMARO EMILIANO TRINDADE SILVA
  • Data: 29/11/2018

  • Mostrar Resumo
  • A lignina é uma macromolécula amorfa tridimensional formada pela ligação, predominante
    β-aril-éter entre os álcoois cumarílico, sinapílico e coniferírilo. Justificada pela recalcitrância
    da lignina, a busca por bactérias naturalmente biodegradadoras de lignina tem sido alvo de
    estudo porque estas são de fácil cultivo e manipulação, mas ainda não se tem uma
    compreensão completa de como as bactérias possuem a habilidade de biodegradar a lignina.
    Objetivando identificar e caracterizar o sistema de degradação de lignina de procariotos
    ambientais, utilizou-se abordagens dependentes e independentes de cultivo. Para isso, no
    capítulo 1, as abordagens dependentes de cultivo permitiram a identificação taxonômica e
    caracterização funcional de linhagens de bactérias FP10-5.22 (Klebsiella variicola), P3TM1
    (Klebsiella variicola) e FP10-5.23 (Klebsiella oxytoca), que apresentaram capacidade de
    crescimento em lignina como única fonte de carbono (fase estacionária em 24 horas) e até
    98% de degradação do corante azul de metileno em 48 horas. Já no capítulo 2, são
    apresentados os dados referentes ao sequenciamento do genoma completo da linhagem
    lignolítica P1CD1 (K. variicola). O sequenciamento do genoma completo permitiu a
    identificação do repertório genético envolvido na degradação de lignina, bem como
    estabelecer as possíveis rotas metabólicas utilizadas pela linhagem P1CD1 para degradar
    lignina. Foram identificados 251 genes relacionados às atividades de transferase,
    desidrogenase, liase, regulador trascricional, monooxigenase, dioxigenase, redutase,
    hidrolase, peroxidase, isomerase, oxidase, transport, ligase, hidroxilase, superóxido e
    proteínas redox. O repertório genético identificado sugere que a lignina é degradada em duas
    etapas, a primeira refere-se à despolimerização da molécula primária da lignina
    (desacoplamento das ligações interunidades dos álcoois precursores) pela atividade das
    enzimas modificadores de lignina (LMEs) e as enzimas auxiliares de degradação de lignina
    (LDAs) gerando metabólitos periféricos, e a segunda etapa está relacionada com a
    decomposição de fragmentos derivados da lignina através da atividade das enzimas presentes
    nos subsistemas pertencentes ao metabolismo de compostos aromáticos, transformando os
    metabólitos periféricos em metabólitos intermediários da lignina. Os resultados dos
    capítulos 1 e 2 sugerem que procariotos de amostras de água e solo da Caatinga são
    alternativa viável para otimização da etapa de pré-tratamento da biomassa lignocelulósica,
    visto que apresentaram alto potencial lignolítico após as análises genômica e fenotípicas.


  • Mostrar Abstract
  • Lignin is a three-dimensional amorphous macromolecule formed by binding, predominating
    β-aryl ether between coumaril, synapyl and coniferyl alcohols. Justified by the recalcitrance
    of lignin, the search for naturally biodegrading bacteria lignin has been the subject of studies
    because they are easy to grow and manipulate, but it does not have a complete understanding
    of how bacteria have the ability to degrade lignin. Aiming to identify and characterize the
    lignin degradation system of environmental prokaryotes, we used dependent and
    independent approaches to culture. In order to achieve this, in chapter 1, culture-dependent
    approaches allowed taxonomic identification and functional characterization of lineages of
    bacteria FP10-5.22 (Klebsiella variicola), P3TM1 (Klebsiella variicola) and FP10-5.23
    (Klebsiella oxytoca), which presented growth capacity in lignin as the sole carbon source
    (stationary phase in 24 hours) and up to 98% degradation of the methylene blue dye in 48
    hours. In chapter 2, the data referring to the sequencing of the complete genome of the
    ligninolytic line P1CD1 (K. variicola) are presented. The sequencing of the complete
    genome allowed the identification of the genetic repertoire involved in the degradation of
    lignin, as well as to establish the possible metabolic routes used by the lineage P1CD1 to
    degrade lignin. 251 genes related to transferase, dehydrogenase, lyase,
    transcriptional/regulatory, monooxygenase, dioxygenase, reductase, hydrolase, peroxidase,
    isomerase, oxidase, transport, ligase, hydroxylase, superoxide and redox proteins have been
    identified. The identified genetic repertoire suggests that lignin is degraded in two steps; the
    first step relates to the depolymerization of the primary lignin molecule (decoupling of the
    precursor alcohols interunit bonds) by the activity of the lignin-modifying enzymes (LMEs)
    and the auxiliary of lignin degradation enzymes of (LDAs) generating peripheral
    metabolites. The second stage is related to the decomposition of lignin-derived fragments
    through the activity of the enzymes present in the subsystems belonging to the metabolism
    of aromatic compounds, transforming the peripheral metabolites into intermediary lignin
    metabolites. The results of chapters 1 and 2 suggest that prokaryotes of Caatinga water and
    soil samples are a viable alternative for the optimization of the pre-treatment stage of
    lignocellulosic biomass, since they presented high ligninolytic potential after genomic and
    phenotypic analysis.

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  • LARISSA MORAES DOS SANTOS FONSECA
  • Pesquisa de arboviroses emergentes: Vírus Mayaro,  Oropouche e Rocio

  • Orientador : GUBIO SOARES CAMPOS
  • MEMBROS DA BANCA :
  • GUBIO SOARES CAMPOS
  • LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
  • ELISANGELA DE JESUS CAMPOS
  • Data: 30/11/2018

  • Mostrar Resumo
  • Arbovírus (Arthropod-borne virus) são vírus transmitidos através da picada de artrópodes hematófagos e, portanto, responsáveis por causar doenças conhecidas por arboviroses. Com sintomatologia clínica muito semelhante e inespecífica, como febre, dores de cabeça, mialgia e artralgia, as arboviroses representam um grave problema de saúde pública mundial com impactos sociais e econômicos relevantes. Entre os arbovírus brasileiros, os vírus Chikungunya (CHIKV), Dengue (DENV), Febre Amarela (YFV), Mayaro (MAYV), Oropouche (OROV), Rocio (ROCV) e Zika (ZIKV) são responsáveis pela maioria dos casos de arboviroses humanas no Brasil. No entanto, com exceção dos vírus CHIKV, DENV,  YFV e ZIKV, não se tem informações sobre a circulação desses vírus no estado da Bahia. A emergência de arbovírus como CHIKV e ZIKV em centros urbanos do Brasil, ressalta a preocupação com o surgimento de outros arbovírus não encontrados anteriormente em outras regiões do país para além da Região Amazônica. Dito isso, o presente estudo teve como objetivo pesquisar a presença dos arbovírus MAYV, OROV e ROCV em amostras de soro, urina e saliva de pacientes residentes no Estado da Bahia com suspeita clínica de dengue. Esses pacientes manifestaram sintoma febril além de outros sintomas como: artralgia, cefaleia, mialgia, vômito e diarréia. Foram analisadas 554 amostras provenientes de unidade hospitalar privada de Salvador cujos testes para DENV, CHIKV e ZIKV apresentaram-se negativos. RT-PCR e nested-PCR foram realizados para detecção dos vírus MAY, ORO e ROC. Nenhuma amostra foi positiva para MAYV e ROCV e 18 amostras foram positivas para OROV dentre elas 6 de soro, 7 de saliva e 5 de urina. Esta foi a primeira vez que o OROV foi identificado no Brasil fora da região amazônica, no Estado da Bahia e em amostras de saliva e urina. Foi realizado sequenciamento do fragmento do gene codificante para as proteínas N e NSs do OROV de 7 amostras positivas e a análise filogenética mostrou que o vírus presente na Bahia agrupa-se ao genótipo I, o genótipo mais encontrado na Região Amazônica brasileira. A detecção do OROV na Bahia mostra a necessidade de um sistema de vigilância eficiente para controlar a disseminação deste vírus na população. Além disso, este trabalho sugere a utilização de amostras de saliva e urina como alternativa para a detecção de OROV quando amostras de soro são inviáveis.


  • Mostrar Abstract
  • Arbovirus (Arthropod-borne viruses) are viruses transmitted through the bite of hematophagous arthropods and, therefore, responsible for causing diseases known as arboviruses. With very similar and unspecific clinical symptoms, such as fever, headache, myalgia, arthralgia and muscle pain, arboviruses represent a serious global public health problem with relevant social and economic impacts. Among the Brazilian arboviruses, Chikungunya (CHIKV), Dengue (DENV), Yellow Fever (YFV), Mayaro (MAYV), Oropouche (OROV), Rocio (ROCV) and Zika (ZIKV) viruses are responsible for most cases of human arboviruses in Brazil. However, except for CHIKV, DENV, YFV, and ZIKV, there is no information about the circulation of these viruses in Bahia State. The emergence of arboviruses such as CHIKV and Zika ZIKV in urban centers of Brazil highlights the concern with the emergence of other arboviruses not previously found in other regions beyond the Amazon Region. The aim of this study was to investigate the presence of MAY, ORO and ROC viruses in serum, urine and saliva samples of patients living in the State of Bahia with clinical suspicion of dengue. These patients manifested a febrile symptom in addition to other symptoms such as arthralgia, headache, myalgia, vomiting and diarrhoea. A total of 554 samples from patients from a private hospital in Salvador, Brazil, were tested for DENV, CHIKV and ZIKV. RT-PCR and nested-PCR were performed for the detection of MAY, ORO and ROC viruses. No samples were positive for MAYV and ROCV and 18 samples were positive for OROV among them 6 of serum, 7 of saliva and 5 of urine. This was the first time OROV was identified in Brazil outside the Amazon region, in Bahia State, and in samples of saliva and urine. Sequencing of the gene fragment coding for the N and NSs proteins of the 7 positive samples was performed and phylogenetic analysis showed that the virus present in Bahia State was grouped in genotype I, which is being the most distributed in the Brazilian Amazon region. The detection of OROV in Bahia shows the need for an efficient surveillance system to control the spread of this virus in the population. In addition, this work suggests the use of saliva and urine samples as an alternative for the detection of OROV when serum samples are not available.

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