|
Dissertações |
|
1
|
-
Felipe Rangel do Vale Lima
-
“Redundância funcional das comunidades microbianas em diversos ecossistemas da terra”.
-
Orientador : PEDRO MILET MEIRELLES
-
MEMBROS DA BANCA :
-
RONALDO BASTOS FRANCINI FILHO
-
PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
-
PEDRO MILET MEIRELLES
-
Data: 20/01/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
A redundância funcional é um mecanismo que ajuda a manter processos ecológicos chave e garante a funcionalidade dos ecossistemas, mesmo com a perda de espécies. Embora seja amplamente estudado em animais e plantas, pouco se compreende sobre a redundância funcional em comunidades microbianas, apesar da importância dessas comunidades para manutenção de inúmeros serviços ecossistêmicos. Os microrganismos raros, caracterizados por apresentarem uma abundância relativa abaixo de 0,01%, desempenham um papel chave para manutenção dos serviços ecossistêmicos. No entanto, esses microrganismos são frequentemente negligenciados nos estudos de redundância funcional em comunidades microbianas. Neste estudo, buscamos preencher essa lacuna de conhecimento, coletando uma extensa quantidade de amostras metagenômicas. Foram obtidas 6.794 amostras provenientes de 73 habitats, distribuídos em 9 ecossistemas em todo o planeta. A partir dessas amostras, realizamos uma análise detalhada da redundância funcional presente nas comunidades microbianas de diversos ecossistemas. Para compreender a relação entre a abundância relativa e a riqueza dos microrganismos raros e os índices de redundância funcional encontrados, empregamos uma regressão linear simples. Consideramos significativos os resultados das análises que apresentaram um valor de p < 0,05. Nossas descobertas demonstram diferenças significativas na redundância funcional entre os ecossistemas estudados. Além disso, os dados indicam que a redundância funcional das comunidades microbianas é fortemente influenciada pelo estilo de vida dos microrganismos e os ambientes nos quais eles estão inseridos. Nossos dados também revelaram que comunidades microbianas com alta riqueza de microrganismos raros geralmente possuem redundância funcional reduzida apontando que os microrganismos raros podem ser importantes na realização de funções altamente especializadas e distintas em cada ambiente e sua extinção poderia desencadear efeitos em cascatas reduzindo a funcionalidade dos ecossistemas.
-
Mostrar Abstract
-
Functional redundancy is a mechanism that guarantees the maintenance of ecological processes that are crucial to the functionality of the ecosystem, even with the loss of species. Although widely studied in animals and plants, little is understood about the functional redundancy in microbial communities despite the importance of these communities for the maintenance of numerous ecosystem services. Rare microorganisms, microbial taxa with relative abundance below 0.01%, play a key role in maintaining ecosystem services, but are generally neglected in studies of functional redundancy in microbial communities. In the present study, we collected 6794 metagenomic samples, obtained from 73 habitats distributed in 9 ecosystems across the planet, from which we calculated the functional redundancy in microbial communities from different ecosystems. To test the relationship between relative abundance and richness of the rare biosphere of the microorganism community and the functional redundancy indices found, we performed a simple linear regression considering significant the analyzes whose P value <0.05. Our findings demonstrate that functional redundancy differs considerably between the studied ecosystems. Data from this study reveal that the functional redundancy of microbial communities is apparently strongly influenced by the lifestyle of microorganisms and the environments in which they are inserted. The analysis carried out revealed that microbial communities with a high richness of rare microorganisms generally have reduced functional redundancy which leads us to believe that rare microorganisms can be important in performing highly specialized and distinct functions in each environment and their extinction can trigger cascading effects reducing the functionality of ecosystems.
|
|
2
|
-
LUCAS BARBOSA DE AMORIM CONCEIÇÃO
-
Identificação e Caracterização de Elementos Endógenos Virais em Genomas de Bombus spp.
-
Orientador : ERIC ROBERTO GUIMARAES ROCHA AGUIAR
-
MEMBROS DA BANCA :
-
RODRIGO ARAÚJO LIMA RODRIGUES
-
ERIC ROBERTO GUIMARAES ROCHA AGUIAR
-
LUIZ EDUARDO VIEIRA DEL BEM
-
Data: 27/02/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
As abelhas são extremamente importantes para a manutenção de populações vegetais dependentes de polinização, o que reflete em um valor de mercado de 24 bilhões de dólares, corroborando com a produção mundial de mais de US$ 200 bilhões em produção alimentícia. O gênero Bombus se destaca por conter eficientes espécies polinizadoras em culturas de importância comercial e nos ecossistemas naturais em que são nativas. Populações apícolas têm apresentado um declínio preocupante devido às mudanças climáticas, uso de agrotóxicos, parasitas e, principalmente, vírus. Desta forma, há a necessidade de investigação de mecanismos imunológicos que possuam atuar na defesa imune destes organismos, diminuindo a influência de patógenos nas populações. Os RNAs de interferência (RNAi) constituem a principal via de resposta antiviral em artrópodes. Elementos Endógenos Virais (EVEs) de origem não retroviral podem ser transcritos e processados em pequenos RNAs, potencialmente ajudando na resposta imune antiviral em espécies de insetos. A diversidade e atividade transcricional a partir de EVEs já foi comprovada em dípteras, mas existem poucos dados sobre EVEs em abelhas. O objetivo do presente estudo é identificar e caracterizar EVEs presentes em genomas de abelhas do gênero Bombus disponíveis publicamente. Inicialmente, os genomas disponíveis de 30 abelhas (Bombus spp.) foram obtidos do banco de dados Genbank. Após predição de janelas abertas de leitura (ORFs) e subsequente análise de similaridade de sequência contra bancos de dados de sequencias virais, utilizando os programas getorf e DIAMOND, respectivamente, as sequências selecionadas foram submetidas a curadoria manual para exclusão de repetições, sequências similares a retrovírus, transposons, vírus de DNA ou outros organismos não-virais, mantendo somente possíveis EVEs derivadas de vírus de RNA. Subsequentemente, as sequências triadas foram novamente processadas nos blastx e blastn versão online do NCBI para garantir maior robustez dos resultados, e alinhadas entre si para posteriores inferências na história evolutiva dessas EVEs. É possível afirmar que as EVEs apresentaram similaridade, em parte, com 4 famílias virais conhecidas: Partitiviridae, Phasmaviridae, Totiviridae e Virgaviridae; mas em sua grande maioria eram similares a vírus não classificados até então. No geral cada espécie apresentou entre 1-20 EVEs, sendo que não foram identificadas em B. superbus e B. waltoni, e os maiores números de 32, 27 e 25 foram obtidos em B. terrestris, B. polaris e B. vosnesenskii respectivamente. Quando alinhadas umas contra as outras, as sequências demonstraram, em uma grande parte dos resultados, terem similaridade em espécies diferentes, o que pode sugerir uma origem evolutiva comum e antiga, corroborada pelos dados obtidos com o blastn. Em continuidade a este projeto, serão testadas a atividade transcricional das EVEs identificadas e sua possível produção de pequenos RNAs que poderiam influenciar na resposta antiviral das abelhas.
|
-
Mostrar Abstract
-
Bee populations are extremely important for the maintenance of pollination-dependent populations of plants, which reflects on a market cap of 24 billion dollars, supporting global food production with more than US$ 200 bilhões. The genus Bombus stands out by comprising efficient pollinator species in commercial crops and their natural habitats. Bee populations have been manifesting a concerning decline due to climate change, the use of pesticides and parasites, especially viruses. Therefore, it is necessary to investigate immunological mechanisms that act on these organisms' immune defenses, decreasing pathogens' influence on the populations. Non-retroviral endogenous elements (EVEs) may be transcribed and processed into small RNAs potentially helping on the antiviral immune response in insect species. Interfering RNAs (RNAi) constitute the main antiviral response path in Arthropoda. The diversity and transcriptional activity of EVEs has already been proven in dipterans, but there is little data about EVEs in bees. The goal of this study is to identify and characterize EVEs in, publicly available, Bombus spp. Genomes. Firstly, the most recent genomes of 30 Bombus species were obtained from Genbank. After a prediction of Open Reading Frames (ORFs) and subsequent sequence similarity analysis against viral sequence databases, using the programs getorf and DIAMOND, respectively, the selected sequences were submitted to manual curation to eliminate repetitions, retrovirus-like sequences, transposons, DNA virus or other non-viral organisms, only mantaining putative non-retroviral RNA EVEs.. The curated sequences were processed again on NCBI, using both blastx and blastn online versions, to guarantee a better robustnessof the results, and aligned among one another for later inferences on the evolutionary history of these EVEs. It is possible to affirm that the EVEs presented similarities, partially, with four known viral families: Partitiviridae, Phasmaviridae, Totiviridae and Virgaviridae; whereas most of them were similar to non-classified viruses Altogether, each species presented between 1-20 EVEs, excluding B. superbus and B. waltoni, which did not manifest any EVEs; and B. terrestris, B. polaris and B. vosnesenskii, which had more robust results, with 32, 27 and 25 respectively. After aligning with one another, the sequences manifested, on the whole, many cases of similarity between different species, which may suggest an old and common evolutionary origin, endorsed by the data obtained from blastn. In future studies, the transcriptional activity of identified EVEs and the possible small-RNA production that might influence on bee’s antiviral response will be tested.
|
|
|
3
|
-
GRACIETE SOARES LIBORIO VERÍSSIMO
-
Análises genômicas e fenotípicas do polissacarídeo de superfície poli-N-acetilglicosamina (PNAG) em bactérias do gênero Leptospira.
-
Orientador : PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
-
MEMBROS DA BANCA :
-
FLÁVIA FIGUEIRA ABURJAILE
-
ANGELA SILVA BARBOSA
-
PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
-
Data: 02/06/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
Poli-β-(1,6)-N-acetilglucosamina (PNAG) é um polissacarídeo de superfície amplamente expresso e presente na matriz de biofilme de diferentes espécies bacterianas. PNAG é um fator de virulência, envolvido na proteção contra as defesas inatas do hospedeiro, antibioticoterapia e das condições de estresse do ambiente. Leptospiras patogênicas são os agentes etiológicos da leptospirose, uma antropozoonose de distribuição mundial, com impacto na saúde humana e animal. Leptospira forma biofilmes no ambiente e nos rins do reservatório Rattus norvegicus. No entanto, informações sobre a composição da matriz exopolimérica de biofilmes de Leptospira, bem como as proteínas envolvidas na expressão de PNAG, são pouco caracterizadas. Neste trabalho nós avaliamos a expressão de PNAG por Leptospira através de abordagens de imunofluorescência (IF), bioquímica e genômica. Através da IF, demonstramos que PNAG é expresso na superfície celular de Leptospira com diferentes graus de patogenicidade e está presente na matriz exopolimérica do biofilme. O tratamento bioquímico com metaperiodato de sódio clivou as ligações N-acetilglicosamina-β-(1,6) confirmando a presença de PNAG. Através de análise genômica comparativa identificamos proteínas com similaridade a glicosiltransferases e desacetilases relacionadas à expressão de PNAG. Nesse estudo, demonstramos a presença de PNAG em Leptospira no fenótipo planctônico e na matriz do biofilme. Nosso estudo expande o conhecimento acerca da composição do biofilme de Leptospira e contribui para a compreensão dos possíveis mecanismos de sobrevivência de Leptospira no ambiente e na relação patógeno-hospedeiro.
-
Mostrar Abstract
-
Poly-β-1,6-N-acetyl-glucosamine (PNAG) is a surface polysaccharide widely expressed and present in the biofilm matrix of different bacterial species. PNAG is a virulence factor, involved in protection against innate host defenses, antibiotic therapy, and environmental stress conditions. Pathogenic leptospires are the etiological agents of leptospirosis, an anthropozoonosis with worldwide distribution that impacts human and animal health. Leptospira forms biofilms in the environment and in the kidneys of the reservoir Rattus norvegicus. However, information about the composition of the exopolymer matrix of Leptospira biofilms, as well as the proteins involved in PNAG expression, are poorly characterized. In this work we evaluated PNAG expression by Leptospira through immunofluorescence (IF), biochemical, and genomic approaches. Through IF, we demonstrated that PNAG is expressed on the cell surface of Leptospira with different degrees of pathogenicity and is present in the exopolymer matrix of the biofilm. Biochemical treatment with sodium metaperiodate cleaved N-acetylglucosamine-β- (1,6) bonds, confirming the presence of PNAG. Through comparative genomic analysis, we identified proteins with similarity to glycosyltransferases and deacetylases related to PNAG expression. In this study, we demonstrated the presence of PNAG in Leptospira in the planktonic phenotype and in the biofilm matrix. Our study expands knowledge about Leptospira biofilm composition and contributes to the understanding of possible Leptospira survival mechanisms in the environment and in the host-pathogen relationship.
|
|
4
|
-
ALICE MARIA ABREU GUSMAO SOARES
-
MONITORAMENTO DA PRODUÇÃO DE ANTICORPOS EM PACIENTES INFECTADOS COM SARS-COV-2 E VACINADOS PARA SARS-COV-2 EM SALVADOR, BAHIA, BRASIL
-
Orientador : GUBIO SOARES CAMPOS
-
MEMBROS DA BANCA :
-
ELISANGELA DE JESUS CAMPOS
-
GUBIO SOARES CAMPOS
-
LUANA LEANDRO GOIS
-
Data: 10/07/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
O SARS-COV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) é o vírus causador da COVID-19 (Coronavirus Disease 2019). O alcance e impacto negativo do SARS-CoV-2 em todo o mundo, colocaram essa pandemia entre as mais notórias que já foram registradas. Por se tratar de uma emergência global, bem como o crescente número de casos e mortes ocasionados e as características do SARSCoV-2, como a elevada transmissibilidade entre indivíduos e a variabilidade de manifestações clínicas associadas à infeção, tornam o diagnóstico laboratorial uma ferramenta importantíssima no combate da pandemia. A triagem epidemiológica por SARS-CoV-2 visa identificar corretamente os pacientes expostos ao vírus para melhor entender a prevalência, epidemiologia e dinâmica da doença. Há muito a se entender a respeito da interação entre o SARS-CoV-2 e seu hospedeiro. Com isso, elevou-se a busca por uma melhor compreensão dos aspectos imunológicos deste vírus. Dessa maneira, entender como funciona a resposta dos anticorpos durante e após a infecção natural é fundamental para melhor compreender a doença, bem como avaliar a resposta imunológica induzida pela vacina para entender como funciona a proteção por anticorpos durante e após a infecção. Nesse sentido, torna-se importante um estudo com acompanhamento em longo prazo para compreender, monitorar e investigar os níveis de anticorpos IgG. Este estudo teve como principal objetivo avaliar o nível de anticorpos para SARS-CoV-2 em grupos de pacientes infectados (anteriormente testados pelo qRT-PCR com resultados detectáveis para SARS-CoV-2) e posteriormente vacinados em Salvador, Bahia, Brasil. Para isso, foram realizadas coletas sorológicas de 245 indivíduos onde foram realizadas seis análises da presença de anticorpos da classe IgG através do teste de imunoabsorção ligado à enzima (ELISA) nas amostras de soro destes indivíduos ao longo de aproximadamente 1 ano, em momentos distintos, no Laboratório de Virologia da Universidade Federal da Bahia - UFBA. Neste trabalho, compreende-se que a vacinação primária induziu um aumento significativo de anticorpos específicos para SARS-CoV-2, que foi ainda mais intensificado pela dose de reforço. No entanto, em indivíduos recuperados de SARS-CoV-2, não houve aumento adicional nos níveis de anticorpos após a segunda dose de vacina. Notavelmente, os níveis de IgG foram semelhantes nos indivíduos que não foram infectados pelo SARS-CoV-2 e em indivíduos recuperados de SARS-CoV-2 após dose de reforço.
-
Mostrar Abstract
-
SARS-COV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) is the virus that causesCOVID-19 (Coronavirus Disease 2019). The reach and negative impact of SARS-CoV-2across the world has placed this pandemic among the most notorious on record. Because it isa global emergency, as well as the growing number of cases and deaths caused and thecharacteristics of SARS-CoV-2, such as the high transmissibility between individuals and thevariability of clinical manifestations associated with the infection, make laboratory diagnosisa tool very important in the fight against the pandemic. Epidemiological screening for SARS-CoV-2 aims to correctly identify patients exposed to the virus to better understand theprevalence, epidemiology and dynamics of the disease. There is a lot to understand about theinteraction between SARS-CoV-2 and its host. With this, the search for a betterunderstanding of the immunological aspects of SARS-CoV-2 has increased. Thus, understanding how the antibody response works during and after natural infection is essentialto better understand the disease, as well as evaluating the immune response induced by thevaccine to understand how the antibody response works during and after infection. In thissense, a long-term follow-up study is important to understand, monitor and investigate IgGantibody levels. This study aimed to evaluate the level of antibodies to SARS-CoV-2 ingroups of infected patients (previously tested by qRT-PCR with detectable results for SARS-CoV2) and subsequently vaccinated in Salvador, Bahia, Brazil. For this, serologicalcollections were carried out from 245 individuals, where six analyzes of the presence ofantibodies of the IgG class were carried out through the enzyme-linked immunoabsorptiontest (ELISA) in the serum samples of these individuals over approximately 1 year, at differenttimes in the Virology Laboratory of the Federal University of Bahia - UFBA. In this work, itis learned that primary vaccination induced a significant increase in SARS-CoV-2 specificantibodies, which was further intensified by the booster dose. However, in individualsrecovered from SARS-CoV2, there was no further increase in antibody levels after thesecond vaccine dose. Notably, IgG levels were similar in individuals who were not infectedwith SARS-CoV-2 and in individuals who recovered from SARS-CoV-2 after a booster dose.
|
|
5
|
-
Lucas de Almeida Silva
-
CARACTERIZAÇÃO DE Acinetobacter baumannii ISOLADOS DE PACIENTES COM INFECÇÕES DE CORRENTE SANGUÍNEA EM SALVADOR, BAHIA
-
Orientador : JOICE NEVES REIS PEDREIRA
-
MEMBROS DA BANCA :
-
HERMES PEDREIRA DA SILVA FILHO
-
JOICE NEVES REIS PEDREIRA
-
SORAIA MACHADO CORDEIRO
-
Data: 25/08/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
Acinetobacter baumannii é uma bactéria cocobacilar gram-negativa, aeróbica e imóvel. A. baumannii é um patógeno oportunista, de grande preocupação clínica, e pertence ao acrônimo “ESKAPE”, grupo de patógenos multirresistentes, responsáveis pela maioria dos surtos de infecções nosocomiais, entre elas bacteremias, pneumonias e septicemias em pacientes com situação imunológica crítica e internados em Unidades de Terapia Intensivas (UTIs). A. baumannii possui habilidade em adquirir diversos mecanismos de resistência aos mais variados antibióticos, em grande escala os β-lactâmicos. É de grande importância o conhecimento do patógeno, assim como a epidemiologia local de forma que medidas de controle epidemiológico sejam adequadamente implementadas. Portanto, objetiva-se descrever o perfil fenotípico e genotípico de isolados de A. baumannii provenientes de pacientes com infecções de corrente sanguínea, oriundos de dois hospitais situados na cidade de Salvador, BA. A identificação foi determinada por sistema automatizado, o teste de suscetibilidade aos antimicrobianos e o ECIM foram realizados por meio disco-difusão e os resultados interpretados com base nas orientações do CLSI. Os genes foram detectados pela técnica de PCR para investigar os genes de resistência, e a tipificação molecular foi executada pela técnica de ERIC-PCR. Foram avaliadas 36 amostras de pacientes com infecções de corrente sanguínea identificados no período de 2015 a 2019, entre os 36 isolados, 50% foram resistentes aos carbapenêmicos (imipenem e meropenem), sendo que 44% dos isolados foram MDR e um isolado foi XDR. Para o teste ECIM, 50% dos isolados foram positivos para produção de metalo-β-lactamases. A investigação de genes de resistência por PCR detectou os genes blaOXA-23 (15, 41,6%), blaOXA-24 (1, 2,7%), blaCTX-M (3, 8,3%), blaKPC (7, 19,4%) e blaVIM (18, 50%). Em três casos CarbR, não foi possível esclarecer o mecanismo de resistência. A tipificação molecular utilizando ERIC-PCR mostrou similaridade em dois grandes grupos, com 5 clones em cada cluster. A tipagem molecular por PFGE demonstrou 31 grupos distintos de clones e três grupos majoritários de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos produtor de VIM. A prevalência de isolados de A. baumannii multidroga resistentes produtores de carbapenemases, ESBLs e metalo-β-lactamases detectadas neste estudo, é de grande preocupação e se destaca com alta necessidade de medidas de controle epidemiológico e de infecção.
-
Mostrar Abstract
-
Acinetobacter baumannii is a gram-negative, aerobic, immobile coccobacillus bacterium. A. baumannii is an opportunistic pathogen of great clinical concern and belongs to the acronym “ESKAPE”, a group of multidrug-resistant pathogens, responsible for most outbreaks of nosocomial infections, including bacteremia, pneumonia, and septicemia in patients with critical immune status and hospitalized in Intensive Care Units (ICUs). A. baumannii has the ability to acquire different mechanisms of resistance to the most varied antibiotics, on a large scale the β-lactams. It is very important to know the pathogen, as well as the local epidemiology so that epidemiological control measures are properly implemented. Therefore, the objective is to describe the phenotypic and genotypic profile of A. baumannii isolates from patients with bloodstream infections, from two hospitals located in the city of Salvador, BA. Identification was determined by an automated system, antimicrobial susceptibility testing and ECIM were performed using disk diffusion and the results were interpreted based on CLSI guidelines. Genes were detected by PCR technique to investigate resistance genes, and molecular typing was performed by ERIC-PCR technique. Thirty-six samples from patients with bloodstream infections identified in the period from 2015 to 2019 were evaluated; among the 36 isolates, 50.0% were resistant to carbapenems (imipenem and meropenem), with 44% of the isolates being MDR and one isolate was XDR. For the ECIM test, 50.0% of the isolates were positive for metallo-β-lactamases. Investigation of resistance genes by PCR detected genes blaOXA-23 (15, 41.6%), blaOXA-24 (1, 2.7%), blaCTX-M (3, 8.3%), blaKPC (7, 19.4%) and blaVIM (18, 50.0%). In three CarbR cases, it was not possible to clarify the resistance mechanism. Molecular typing using ERIC-PCR showed similarity in two large groups, with 5 clones in each cluster. Molecular typing by PFGE showed 31 distinct groups of clones and three major groups of A. baumannii resistant to VIM-producing carbapenems. The prevalence of multidrug-resistant A. baumannii isolates that produce carbapenemases, ESBLs, and metallo-β-lactamases detected in this study is of great concern and stands out with a high need for epidemiological and infection control measures.
|
|
6
|
-
Tacila Ander Oliveira Almeida
-
POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DE FUNGOS MITOSPÓRICOS DE ÁGUA DOCE
-
Orientador : ADRIANA OLIVEIRA MEDEIROS
-
MEMBROS DA BANCA :
-
ADRIANA OLIVEIRA MEDEIROS
-
RICARDO BIZOGNE SOUTO
-
VERA LUCIA COSTA VALE
-
Data: 31/08/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
Os fungos que ocupam ambientes de água doce têm sido relatados como produtores de metabólitos de ampla diversidade química e ampla gama de atividades biológicas. Dentre os grupos de fungos que ocorrem nesses ambientes, estão os fungos mitospóricos, que consistem em estados assexuados, principalmente de ascomicetos e alguns basidiomicetos. Os hifomicetos aquáticos são fungos mitospóricos reconhecidos, principalmente, pelo protagonismo na decomposição de matéria orgânica foliar alóctone em ambientes lóticos e pela capacidade de esporular abaixo da superfície. O principal objetivo desse trabalho consiste em avaliar o potencial biotecnológico dos fungos mitospóricos de água doce. O capítulo 1 tratase de uma revisão integrativa sobre a produção metabólica dos hifomicetos aquáticos e suas aplicações biotecnológicas. Os resultados apontaram este grupo como importantes produtores de diversos metabólitos com aplicações em vários setores da indústria, agricultura e saúde, principalmente enzimas associadas a quebra de compostos lignocelulolíticos e com potencial antimicrobiano. O capítulo 2 é um trabalho experimental que teve como objetivo avaliar a atividade antimicrobiana de quatro espécies de fungos mitospóricos isolados em diferentes riachos associados a material vegetal em decomposição. Os fungos foram cultivados em diferentes meios de cultura e seus extratos brutos foram testados contra nove patógenos bacterianos e fúngicos com a técnica de micrdiluição em caldo. Os fungos F. curvula, A. penicillioides e a cepa 133057 de P. submersus inibiram a maioria dos patógenos bacterianos, mas nenhum apresentou atividade antifúngica. Cepas da mesma espécie coletadas de ambientes diferentes e extratos de cultivos em diferentes meios de cultura apresentaram divergências quanto a bioatividade, sendo estes, aspectos importantes a serem considerados na bioprospecção de atividade antimicrobiana
-
Mostrar Abstract
-
: Fungi that occupy freshwater environments have been reported to produce metabolites with wide chemical diversity and a wide range of biological activities. Among the groups of fungi that occur in these environments are the mitosporic fungi, which consist of asexual states, mainly of ascomycetes and some basidiomycetes. Aquatic hyphomycetes are mitosporic fungi recognized mainly for their role in the decomposition of allochthonous leaf organic matter in lotic environments and for their ability to sporulate below the surface. The main objective of this work is to evaluate the biotechnological potential of freshwater mitosporic fungi. Chapter 1 is an integrative review on the metabolic production of aquatic hyphomycetes and its biotechnological applications. The results showed this group as important producers of several metabolites with applications in several sectors of industry, agriculture and health, mainly enzymes associated with the breakdown of lignocellulolytic compounds and with antimicrobial potential. Chapter 2 is an experimental work that aimed to evaluate the antimicrobial activity of four species of mitosporic fungi isolated in different streams associated with decomposing plant material. The fungi were grown in different culture media and their crude extracts were tested against nine bacterial and fungal pathogens using the broth microdilution technique. The fungi F. curvula, A. penicillioides and P. submersus strain 133057 inhibited most bacterial pathogens, but none showed antifungal activity. Strains of the same species collected from different environments and extracts from cultures in different culture media showed differences in terms of bioactivity, which are important aspects to be considered in the bioprospecting of antimicrobial activity
|
|
7
|
-
THAYRA GOMES DOS SANTOS
-
ANÁLISE GENÔMICA DE LACTIPLANTIBACILLUS PLANTARUM NA IDENTIFICAÇÃO DE PROPRIEDADES PROBIÓTICAS
-
Orientador : RODRIGO DIAS DE OLIVEIRA CARVALHO
-
MEMBROS DA BANCA :
-
RODRIGO DIAS DE OLIVEIRA CARVALHO
-
SANDEEP TIWARI
-
WANDERSON MARQUES DA SILVA
-
Data: 25/09/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
Os probióticos são microrganismos com propriedades benéficas para a saúde do hospedeiro que os consome. Estes podem ser aplicados tanto na indústria quanto na promoção da saúde humana, como por exemplo para o tratamento de doenças inflamatórias do intestino. Atualmente, é possível encontrar diversos estudos sobre lactobacilos, especialmente Lactiplantibacillus plantarum, entretanto, devido a sua grande diversidade genética, a espécie ainda se encontra pouco explorada. Neste sentido o isolamento e caracterização genômica de novas linhagens de Lb. plantarum da biodiversidade brasileira poderia permitir a descoberta de mecanismos protetores exclusivos e apresenta potencial para o desenvolvimento de terapias alternativas no combate a inflamação. Com isso, uma linha de pesquisa em ascensão, a probiogenômica, tem proporcionado uma compreensão mais abrangente e assertiva das bases moleculares destes probióticos. Neste contexto, através da aplicação de análises de bioinformática, este trabalho teve como objetivo caracterizar taxonomicamente e funcionalmente os genomas completos de seis linhagens isoladas no Brasil. Desta forma, a taxonomia das seis linhagens foi confirmada por meio da Identidade Média de Nucleotídeos por BLAST (ANIb), utilizando como referência o genoma da linhagem Lb. plantarum SK151 do banco de dados GENBANK (NCBI). Em contrapartida, foi realizada uma análise filogenética multilocus utilizando 220 genomas completos de Lb. plantarum do referido banco de dados, para investigar relações evolutivas com outras linhagens probióticas da mesma espécie. Nossos resultados sugerem alta proximidade genética com probióticos já comercializados, ou que tenham demonstrado efeitos anti-inflamatórios em ensaios clínicos ou estudos pré-clínicos de doenças inflamatórias. Em seguida, a análise de peptídeos antimicrobianos nos genomas dos isolados brasileiros identificaram diversos genes de plantaricinas, sugerindo potencial antimicrobiano. Também foi identificado a presença do gene gadB nas seis linhagens, podendo estar envolvido na produção do ácido gamma-aminobutírico pela ação da enzima glutamato descarboxilase, sugerindo um papel importante na regulação do eixo intestino-cérebro. Através de análises de SNP e modelagem molecular, a linhagem lpl4 apresentou alto grau de conservação genética e estrutural desta enzima quando comparado com a proteína homóloga considerada funcional na linhagem Taj-Apis362. Além disso a análise pangenômica entre todas as linhagens revelou a presença de genes exclusivos na linhagem lpl4, a saber, cinco proteínas hipotéticas e uma sulfotransferase, envolvida na síntese de vitamina B6. Para análise de segurança das linhagens, foi investigado a presença de genes de resistência à antibióticos, onde, foi observado apenas um marcador em região de plasticidade genômica no cromossomo da linhagem E6. Deste modo, é possível concluir que as linhagens avaliadas possuem propriedades probióticas com potencial terapêutico para doenças inflamatórias que incidem sobre o eixo intestino-cérebro, especialmente a lpl4, podendo ser considerada segura para o uso humano e animal. Entretanto mais estudos são necessários para investigar o seu potencial terapêutico.
-
Mostrar Abstract
-
Probiotics are microorganisms with beneficial properties for the health of the host who consumes them. These can be applied both in industry and in the promotion of human health, such as for the treatment of inflammatory bowel diseases. Currently, it is possible to find several studies on lactobacilli, especially Lactiplantibacillus plantarum, however, due to its great genetic diversity, the species is still little explored. In this sense, the isolation and genomic characterization of new Lb. plantarum of Brazilian biodiversity could allow the discovery of exclusive protective mechanisms and presents potential for the development of alternative therapies to combat inflammation. As a result, a growing line of research, probiogenomics, has provided a more comprehensive and assertive understanding of the molecular bases of these probiotics. In this context, through the application of bioinformatics analyses, this work aimed to taxonomically and functionally characterize the complete genomes of six strains isolated in Brazil. In this way, the taxonomy of the six lineages was confirmed using the Average Nucleotide Identity by BLAST (ANIb), using the genome of the Lb lineage as a reference. plantarum SK151 from the GENBANK database (NCBI). In contrast, a multilocus phylogenetic analysis was performed using 220 complete Lb genomes. plantarum from the aforementioned database, to investigate evolutionary relationships with other probiotic lineages of the same species. Our results suggest high genetic proximity to probiotics already marketed, or that have demonstrated anti-inflammatory effects in clinical trials or preclinical studies of inflammatory diseases. Next, the analysis of antimicrobial peptides in the genomes of Brazilian isolates identified several plantaricin genes, suggesting antimicrobial potential. The presence of the gadB gene was also identified in the six lineages, which may be involved in the production of gamma-aminobutyric acid through the action of the enzyme glutamate decarboxylase, suggesting an important role in the regulation of the intestine-brain axis. Through SNP analyzes and molecular modeling, the lpl4 lineage showed a high degree of genetic and structural conservation of this enzyme when compared to the homologous protein considered functional in the Taj-Apis362 lineage. Furthermore, pangenomic analysis among all strains revealed the presence of exclusive genes in the lpl4 strain, namely, five hypothetical proteins and a sulfotransferase, involved in the synthesis of vitamin B6. To analyze the safety of the strains, the presence of antibiotic resistance genes was investigated, where only one marker was observed in a region of genomic plasticity on the chromosome of the E6 strain. Therefore, it is possible to conclude that the strains evaluated have probiotic properties with therapeutic potential for inflammatory diseases that affect the intestine-brain axis, especially lpl4, and can be considered safe for human and animal use. However, more studies are needed to investigate its therapeutic potential.
|
|
8
|
-
Luiz Ricardo Fraser Silva
-
AVALIAÇÃO COMPARATIVA DE PLATAFORMAS AUTOMATIZADAS PARA MONTAGEM E ANÁLISE DE GENOMAS DO VÍRUS SARS-COV-2
-
Orientador : LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
-
MEMBROS DA BANCA :
-
BRENA MOTA MOITINHO SANT'ANNA
-
GUBIO SOARES CAMPOS
-
LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
-
Data: 05/10/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
A pandemia de COVID-19, causada pelo vírus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), teve início na província de Wuhan na China e se espalhou rapidamente pelo globo gerando impactos socioeconômicos e na saúde pública. A descoberta do agente viral causador da doença só foi possível graças às novas tecnologias de sequenciamento de ácidos nucléicos, conhecidas conjuntamente como NGS (da sigla em inglês Next Generation Sequencing). Atualmente, essas mesmas tecnologias estão sendo empregadas para vigilância genômica do vírus a partir da descoberta de mutações e determinação de novas variantes. Em 2022, a Organização Mundial da Saúde emitiu uma estratégia global de vigilância genômica para patógenos de potencial pandêmico e epidêmico (2022-2032). A fim de contribuir com essa estratégia e visando melhorar o acesso a ferramentas de detecção viral este trabalho tem como objetivo principal implementar, comparar e validar protocolos de análise que utilizem apenas dados brutos de NGS (arquivos FASTQ) para diagnóstico e chamada de variante de SARS-CoV-2. Para isso, foram utilizados como universo amostral um total de 15 novos sequenciamentos de SARS-CoV-2 obtidos por metodologia direcionada Ion Ampliseq (n=10) ou por abordagem metatranscriptômica (n= 5). Tais arquivos FASTQ foram submetidos à montagem a partir dos montadores automatizados: PATRIC, BVBRC, ID-seq, CoronaSPAdes e Genome Detective. A chamada de variante foi realizada a partir das plataformas GISAID, Genome Detective, Nextclade e BV-BRC que possui abordagem integrada de montagem e anotação. As análises ocorreram em dois momentos, a fim de identificar possíveis mudanças nos resultados após atualizações das plataformas. Os resultados gerados foram comparados, entre outros aspectos, em relação à capacidade da chamada de variante de SARS- CoV-2, tempo médio gasto para realizar análise, ORFs virais identificadas e porcentagem do conteúdo G+C do genoma montado. Inicialmente a plataforma BV-BRC demonstrou ser a plataforma capaz de determinar a variante corretamente, com o maior número de resultados gerados e no menor tempo. O ID-seq e Genome Detective se mostraram capazes de realizar a montagem do genoma e, a partir dos arquivos FASTA gerados, foi possível realizar a chamada de variante utilizando as plataformas Nextclade e o próprio Genome Detective para a anotação. Após atualizações o BV-BRC apesar de ainda gerar o maior número de resultados no menor tempo, apresentou menor especificidade na chamada de variantes. O Genome Detective,no entanto, apresentou uma abordagem integrada de montagem e anotação com uma maior capacidade de determinar a variante. O montador PATRIC e a plataforma de anotação GISAID não foram capazes de gerar resultados de maneira satisfatória para as amostras avaliadas.
-
Mostrar Abstract
-
The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), began in the province of Wuhan in China and quickly spread around the globe, generating socioeconomic and public health impacts. The discovery of the viral agent causing the disease was only possible thanks to new nucleic acid sequencing technologies, collectively known as NGS (Next Generation Sequencing). Currently, these same technologies are being used for genomic surveillance of the virus, including the identification of mutations and determination of new variants. In 2022, the World Health Organization issued a global genomic surveillance strategy for potentially pandemic and epidemic pathogens (2022-2032). In order to contribute to this strategy and improve access to viral detection tools, the main objective of this work is to implement, compare, and validate analysis protocols using only raw NGS data (FASTQ files) for the diagnosis and variant calling of SARS-CoV-2. For this purpose, a total of 15 new SARS-CoV-2 sequencing samples obtained by Ion AmpliSeq targeted methodology (n=10) or metatranscriptomic approach (n=5) were used as the sample universe. These FASTQ files were subjected to assembly using the automated assemblers: PATRIC, BV-BRC, ID-seq, CoronaSPAdes, and Genome Detective. Variant calling was performed using the platforms GISAID, Genome Detective, Nextclade, and BV-BRC, which have an integrated approach to assembly and annotation. The analyses were carried out at two different time points to identify possible changes in the results after platform updates. The generated results were compared, among other aspects, in terms of the ability to call SARS-CoV-2 variants, the average time spent on analysis, identified viral ORFs (Open Reading Frames), and the percentage of G+C content in the assembled genome. Initially, the BV-BRC platform proved to be capable of correctly determining the variant, with the highest number of results generated in the shortest time. ID-seq and Genome Detective were able to perform genome assembly, and from the generated FASTA files, variant calling was performed using the Nextclade platform and Genome Detective itself for annotation. After updates, BV-BRC, despite still producing the highest number of results in the shortest time, showed lower specificity in variant calling. However, Genome Detective presented an integrated approach to assembly and annotation with a greater ability to determine the variant. The assembler PATRIC and the annotation platform GISAID were not able to generate satisfactory results for the evaluated samples.
|
|
9
|
-
JULIA DE MELO JUREMA GUIMARÃES
-
Efeito do pH na sobrevivência e formação de biofilmes por Leptospira
-
Orientador : PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
-
MEMBROS DA BANCA :
-
LUCIANA DOS SANTOS MEDEIROS
-
PAULA CARVALHAL LAGE VON BUETTNER RISTOW
-
RODRIGO DIAS DE OLIVEIRA CARVALHO
-
Data: 07/12/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
Leptospirose é uma zoonose de distribuição global causada por bactérias patogênicas do gênero Leptospira. Leptospiras são espiroquetas Gram negativas que apresentam amplo perfil de susceptibilidade a agentes físicos e químicos e possuem pH ótimo de crescimento entre 7,2 e 7,6. Apesar de serem bactérias sensíveis às condições de estresse ambiental, as leptospiras são detectadas viáveis após meses presentes em água e solo. Leptospiras compõem biofilmes em ambientes urbanos e rurais. Adicionalmente, ratos reservatórios de Leptospira possuem biofilmes nos seus túbulos renais, excretando a bactéria através da urina no ambiente. Entretanto, não temos conhecimento se o cultivo em pHs não ótimos altera a formação de biofilmes por Leptospira e se esse fenótipo impacta na sobrevivência dessas bactérias ao cultivo em pHs estressantes. O objetivo geral deste trabalho é avaliar o efeito de variações de pH sobre a viabilidade e a formação de biofilmes por Leptospira. Para isso, avaliamos a curva de crescimento, analisamos de forma semi-quantitativa a biomassa de biofilmes formados por Leptospira biflexa e de Leptospira sp. VSF25 nos pHs 5,0; 6,5; 7,5 e 8,5. Avaliamos também a viabilidade celular de leptospiras cultivadas nesses pHs através de ensaios com alamarBlue. Nossos resultados mostraram que o pH ácido de 5,0 inibiu o crescimento de L. biflexa e do isolado VSF25 no fenótipo planctônico e inibe a formação de biofilmes em ambas as espécies estudadas. Já o cultivo em pH 6,5, resultou em atraso na formação de biofilmes em L. biflexa e viabilidade celular semelhante ao pH 7,5 em Leptospira sp. VSF25. O pH básico de 8,5 resultou em crescimento, formação de biofilmes e viabilidade celular semelhantes ao pH 7,5. Nossos resultados abrem caminhos para mais estudos acerca do comportamento de Leptospira em condições estressantes e de como a formação de biofilmes por essas bactérias pode contribuir para a manutenção ambiental desse gênero bacteriano.
-
Mostrar Abstract
-
Leptospires are Gram negative bacteria with a wide physical-chemical agents sensibility profile, previous works revealed that Leptospira may survive for months in water and soil. Therefore, leptospires remain as a relevant human and veterinary health issue. Leptopsira form biofilms in vitro, in vivo and on the environment. However, there is no literature to our knowledge describing if continuous exposition to unfavorable temperatures and pHs may or not alter biofilm formation in Leptospira. The aim of this work is to evaluate pH and temperature stress action in biofilm formation and cell survival. Leptospiral biofilm biomass cultivated at 30°C with pHs 5.0; 6.5; 7.5 e 8.5 was quantified using crystal violet stain method. We generated growth curves of planktonic Leptospira at 30 °C with pH 5.0; 7.5 and 8.5. Preliminary results show that pH 5.0 and elevate temperatures cultivation conditions inhibit biofilm formation in Leptospira. The present results alongside our future results may enlighten if physycal-chemical stress exposition interfere in Leptospira biofilm formation
|
|
10
|
-
MONICA PEREIRA CARNAUBA
-
PREVALÊNCIA DE MOLLICUTES EM HOMENS QUE FAZEM SEXO COM HOMENS (HSH) DE 15 A 24 ANOS EM VITORIA DA CONQUISTA, BAHIA, BRASIL
-
Orientador : LUCAS MIRANDA MARQUES
-
MEMBROS DA BANCA :
-
CALINE NOVAIS TEIXEIRA OLIVEIRA
-
Fabiane Soares Gomes
-
LUCAS MIRANDA MARQUES
-
Data: 11/12/2023
-
-
Mostrar Resumo
-
Pouco se sabe sobre as infecções sexualmente transmissíveis (IST) por micoplasmas em jovens homens que fazem sexo com homens (HSH). O objetivo do estudo foi identificar a prevalência de micoplasmas nos sítios anatômicos e verificar os possíveis fatores de risco para IST em HSH com faixa etária entre 15 e 24 anos do município de Vitória da Conquista, BA, Brasil. Um estudo transversal foi realizado para determinar a prevalência de Mollicutes genitais nos sítios anatômicos oral, uretral e anal, e analisar os fatores associados à prevalência. Para garantir a representatividade, foram utilizadas estratégias de sensibilização com parcerias LGBTQIAP+. O recrutamento se deu pela técnica de amostragem dirigida pelo participante RDS. Para todas as análises, os pesos foram considerados por svy, gerados pelo estimador de Gile’s. As prevalências foram estimadas com (IC95%), teste qui-quadrado com (p<0,05) e foram calculadas as perdas diagnósticas. As associações das variáveis explicativas com os desfechos foram estimadas por razão de prevalência ponderada (RP) e seu respectivo intervalo de confiança (IC95%), por meio de regressão de Poisson. Para todas as análises, utilizou-se o software estatístico STATA versão 15.1. Dos 111 participantes, 106 realizaram coletas em todos os sítios anatômicos. Ureaplasma spp foi mais prevalente (39,8%, sendo 36,8% para U. urealyticum e 4,8% para U. parvum) do que Mycoplasma spp (28,1%, sendo 21,8% para M. hominis e 9,5% para M. genitalium). No geral, a prevalência foi verificada com pelo menos uma infecção em qualquer sítio; o sítio uretral foi o mais prevalente (34,4%), seguido do sítio oral (30,1%) e anal (26,7%). 28,18% dos participantes detectados estavam coinfectados por duas ou três espécies de Mollicutes. A prevalência foi alta em todos os sítios anatômicos, destacando-se U. urealyticum e M. hominis. U. parvum foi mais prevalente no sítio uretral do que M. genitalium, considerado IST emergente. Os fatores com significância associados à presença de Mollicutes foram o sexo transacional (p=0,053), presença de sinal ou sintoma (p=0,004), coinfecção com Chlamydia trachomatis (p=0,075) e discriminação em ambientes de saúde (p<0,001).Para Mycoplasma, houve associação com o uso inconsistente do preservativo (p=0,017), o sexo transacional (p=0,022) e a presença de sinal ou sintoma (p=0,048). Para Ureaplasma, as associações foram sexo transacional (p=0,014), discriminação em ambientes de saúde (p<0,001) e coinfecção com HIV (p=0,003). Além dos comportamentos de risco significantes e a associações com outros microrganismos detectados no estudo, é perceptível que os fatores socioestruturais permeiam nos índices de prevalência das infecções. Protocolos de rastreamento criterioso, terapia adequada, ampliação no aconselhamento das IST e aproximação da educação sexual em grupos jovens são essenciais para o manejo e prevenção dessas infecções, especialmente em HSH.
-
Mostrar Abstract
-
Little is known about sexually transmitted infections (STIs) caused by mycoplasmas in young men who have sex with men (YMSM). The aim of the study was to identify the prevalence of mycoplasmas in anatomical sites and investigate potential risk factors for STIs in YMSM aged 15 to 24 years in the city of Vitória da Conquista, BA, Brazil. A cross-sectional study was conducted to determine the prevalence of genital Mollicutes in oral, urethral, and anal anatomical sites and analyze factors associated with prevalence. To ensure representativeness, sensitization strategies were employed with LGBTQIAP+ partnerships. Recruitment was done using the participant-driven sampling RDS technique. For all analyses, weights were considered using svy generated by Gile's estimator. Prevalences were estimated with (95% CI), chi-square test with (p<0.05), and diagnostic losses were calculated. Associations of explanatory variables with outcomes were estimated by weighted prevalence ratio (PR) and its respective confidence interval (95% CI) through Poisson regression. For all analyses, STATA version 15.1 statistical software was used. Of the 111 participants, 106 collected samples from all anatomical sites. Ureaplasma spp. was more prevalent (39.8%, with 36.8% for U. urealyticum and 4.8% for U. parvum) than Mycoplasma spp. (28.1%, with 21.8% for M. hominis and 9.5% for M. genitalium). Overall, prevalence was observed with at least one infection at any site; the urethral site was the most prevalent (34.4%), followed by the oral site (30.1%) and anal site (26.7%). 28.18% of detected participants were coinfected with two or three Mollicutes species. Prevalence was high at all anatomical sites, with U. urealyticum and M. hominis being prominent. U. parvum was more prevalent in the urethral site than M. genitalium, considered an emerging STI. Significant factors associated with the presence of Mollicutes were transactional sex (p=0.053), presence of a sign or symptom (p=0.004), coinfection with Chlamydia trachomatis (p=0.075), and discrimination in healthcare settings (p<0.001). For Mycoplasma, associations were observed with inconsistent condom use (p=0.017), transactional sex (p=0.022), and the presence of a sign or symptom (p=0.048). For Ureaplasma, associations were transactional sex (p=0.014), discrimination in healthcare settings (p<0.001), and co-infection with HIV (p=0.003). In addition to the significant risk behaviors and associations with other microorganisms detected in the study, it is noticeable that socio-structural factors permeate the prevalence rates of infections. Careful screening protocols, appropriate therapy, expanded STI counseling and increased sexual education in young groups are essential for the management and prevention of these infections, especially in MSM.
|
|