Banca de DEFESA: LUIZ RICARDO FRASER SILVA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : LUIZ RICARDO FRASER SILVA
DATA : 05/10/2023
HORA: 14:00
LOCAL: Instituto de Ciências da Saúde, UFBA
TÍTULO:

AVALIAÇÃO COMPARATIVA DE PLATAFORMAS AUTOMATIZADAS PARA MONTAGEM E ANÁLISE DE GENOMAS DO VÍRUS SARS-COV-2

PALAVRAS-CHAVES:

SARS-CoV-2; vigilância genômica; Ampliseq; RNA-seq

PÁGINAS: 85
RESUMO:

A pandemia de COVID-19, causada pelo vírus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), teve início na província de Wuhan na China e se espalhou rapidamente pelo globo gerando impactos socioeconômicos e na saúde pública. A descoberta do agente viral causador da doença só foi possível graças às novas tecnologias de sequenciamento de ácidos nucléicos, conhecidas conjuntamente como NGS (da sigla em inglês Next Generation Sequencing). Atualmente, essas mesmas tecnologias estão sendo empregadas para vigilância genômica do vírus a partir da descoberta de mutações e determinação de novas variantes. Em 2022, a Organização Mundial da Saúde emitiu uma estratégia global de vigilância genômica para patógenos de potencial pandêmico e epidêmico (2022-2032). A fim de contribuir com essa estratégia e visando melhorar o acesso a ferramentas de detecção viral este trabalho tem como objetivo principal implementar, comparar e validar protocolos de análise que utilizem apenas dados brutos de NGS (arquivos FASTQ) para diagnóstico e chamada de variante de SARS-CoV-2. Para isso, foram utilizados como universo amostral um total de 15 novos sequenciamentos de SARS-CoV-2 obtidos por metodologia direcionada Ion Ampliseq (n=10) ou por abordagem metatranscriptômica (n= 5). Tais arquivos FASTQ foram submetidos à montagem a partir dos montadores automatizados: PATRIC, BVBRC, ID-seq, CoronaSPAdes e Genome Detective. A chamada de variante foi realizada a partir das plataformas GISAID, Genome Detective, Nextclade e BV-BRC que possui abordagem integrada de montagem e anotação. As análises ocorreram em dois momentos, a fim de identificar possíveis mudanças nos resultados após atualizações das plataformas. Os resultados gerados foram comparados, entre outros aspectos, em relação à capacidade da chamada de variante de SARS- CoV-2, tempo médio gasto para realizar análise, ORFs virais identificadas e porcentagem do conteúdo G+C do genoma montado. Inicialmente a plataforma BV-BRC demonstrou ser a plataforma capaz de determinar a variante corretamente, com o maior número de resultados gerados e no menor tempo. O ID-seq e Genome Detective se mostraram capazes de realizar a montagem do genoma e, a partir dos arquivos FASTA gerados, foi possível realizar a chamada de variante utilizando as plataformas Nextclade e o próprio Genome Detective para a anotação. Após atualizações o BV-BRC apesar de ainda gerar o maior número de resultados no menor tempo, apresentou menor especificidade na chamada de variantes. O Genome Detective,no entanto, apresentou uma abordagem integrada de montagem e anotação com uma maior capacidade de determinar a variante. O montador PATRIC e a plataforma de anotação GISAID não foram capazes de gerar resultados de maneira satisfatória para as amostras avaliadas.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1818609 - LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
Interno - ***.842.665-** - GUBIO SOARES CAMPOS - UFBA
Externa à Instituição - BRENA MOTA MOITINHO SANT'ANNA - UFBA