Banca de DEFESA: SABRINA FERREIRA DE SANTANA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : SABRINA FERREIRA DE SANTANA
DATA : 30/06/2022
HORA: 13:30
LOCAL: Google Meet
TÍTULO:

Uso da metatranscriptômica para detecção de patógenos

PALAVRAS-CHAVES:

bioinformática; SARS-CoV-2; Ceratocystis; metatranscriptômica.

PÁGINAS: 66
RESUMO:

Existem diversos patógenos que se configuram ameaças constantes tanto para saúde pública humana como para agricultura, levando a grandes impactos sociais e econômicos. Atualmente, os vírus encontram-se em maior destaque pela rápida taxa mutacional e espalhamento, serem influenciados pelo ambiente e estarem associados a grande amplitude de hospedeiros, infectando desde mamíferos superiores até organismos unicelulares. O exemplo mais recente relacionado à saúde pública humana é o SARS-CoV-2, que possui rápida disseminação associada à ausência de imunidade populacional, levando ao cenário pandêmico. Existem também vírus associados a outros microrganismos, como fungos. Muitos fungos causam grande impacto na agricultura, como Ceratocystis que que infecta diversas plantas de importância agrícola como a manga e o eucalipto, impactando a produtividade podendo levá-las à morte. Com isso, o monitoramento se torna estratégia importante para avaliação epidemiológica de agentes infecciosos e dos microrganismos associados que podem impactar no resultado das infecções, causando tanto hipovirulência quanto hipervirulência. Novas ferramentas computacionais podem ajudar no desenvolvimento de ações mais eficientes no monitoramento e desenvolvimento de estratégias de manejo das doenças. Métodos robustos auxiliam na avaliação de dados complexos permitindo rápido monitoramento de ameaças. Tendo isso em vista, o objetivo deste projeto foi avaliar e aplicar a metatranscriptômica como ferramenta de identificação de patógenos em amostras derivadas de diferentes organismos. Para tal, foram analisados dados de pacientes positivos para COVID-19 do Estado da Bahia, e a biblioteca pública do fungo Ceratocystis cacaofunesta. Em ambos os casos foi realizada parte da análise de bioinformática através da plataforma on-line Galaxy e a classificação taxonômica foi realizada com as ferramentas Kaiju e Kraken. Para a Ceratocystis também foi utilizado o programa BLAST visando a busca de similaridade, HMMER e InterProScan com o objetivo de encontrar os domínios conservados, AliView para edição das sequências, MAFFT para realizar o alinhamento global, CIPRES para busca do melhor modelo e construção da árvore filogenética e, por fim, o iTol para visualização da árvore filogenética. Após as análises, para as amostras derivadas de humanos sabidamente infectados com SARS-CoV-2, existiam, principalmente, bactérias presentes no trato respiratório desses indivíduos. Com isso, os dados foram comparados com a literatura visando avaliar quais microrganismos pertencem ao trato respiratório e identificar quais das espécies encontradas têm potencial ou já foram descritas agindo como patógenos oportunistas co-circulando com o SARS-CoV-2. Já para o fungo Ceratocystis, foram encontradas diversas sequências virais, incluindo pertencentes às famílias Hypoviridae, Mymonaviridae, Narnaviridae e Partitiviridae. Também foram observados domínios conservados associados às sequências, além de ter confirmada a designação a nível de família dos novos vírus através da análise filogenética. Em suma, análises metagenômicas associadas à bioinformática têm se mostrado essenciais para melhor compreensão e monitoramento de patógenos e nosso trabalho reforçou o potencial do Sequenciamento de Nova Geração de RNAs nesse processo.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - ***.021.645-** - ERIC ROBERTO GUIMARAES ROCHA AGUIAR - UFMG
Interno - 1818609 - LUIS GUSTAVO CARVALHO PACHECO
Externa à Instituição - PAULA LUIZE CAMARGOS FONSECA