Investigação do papel do sistema CRISPR na interação entre bactérias, plantas e vírus
CRISPR; Xanthomonas, bioinformática, fitopatogênese
Uma das descobertas mais impactantes da biotecnologia nesta década foi um mecanismo de defesa encontrado em procariotos que, na prática, concede imunidade adaptativa ao organismo que o possui. Denominado CRISPR, este mecanismo consiste na integração ao genoma de sequências de organismos invasores, gerando uma “memória” celular. Ainda há poucos estudos sobre o papel do CRISPR nas interações de procariotos com o ambiente e outros seres além dos vírus. Também pouco se sabe sobre como se dá o processo de aquisição deste sistema por parte das bactérias e sua prevalência dentro de espécies de interesse econômico, como fitopatógenos. O presente trabalho tem o objetivo de identificar e classificar as sequências do sistema CRISPR presentes nos genomas de bactérias do gênero Xanthomonas, avaliando o impacto das mesmas no tipo de interação da bactéria com a planta hospedeira e os vírus encontrados neste tipo de ambiente. Em adição, o trabalho pretende verificar as hipóteses sobre a origem destas sequências em cada espécie do gênero Xanthomonas, considerando a influência do meio e a herança por um ancestral comum. Foram
analisados 239 genomas completos do gênero Xanthomonas, com 102 apresentando sequências CRISPR. O conjunto de resultados sugerem que tanto da herança a partir de um ancestral comum quanto do conjunto de fatores ambiental no ambiente que a bactéria coloniza influenciam na presença, ausência e caracterização das sequências relacionadas ao sistema CRISPR em Xanthomonas. Portanto, é possível que ambas as hipóteses iniciais estejam parcialmente corretas. A grande diversidade genética nos spacers espalhados pelos genomas deste gênero indicam uma intensa rede de interações ambientais às quais as bactérias são submetidas para desempenhar função fitopatogênica.